Học viện Quân y là cơ sở đào tạo đại học, sau đại học ngành y dược duy nhất trực thuộc Bộ Quốc phòng với 3 nhiệm vụ chính trị trung tâm là đào tạo cán bộ quân y các cấp, đội ngũ nhân viên y tế phục vụ sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước; điều trị và nghiên cứu khoa học, đặc biệt về lĩnh vực y dược học quân sự; không ngừng phấn đấu với vị trí của một trong những trường đại học y dược hàng đầu của Việt Nam, trường Đại học trọng điểm Quốc gia; trở thành trung tâm đào tạo nhân lực, nghiên cứu khoa học, phát triển và ứng dụng các kỹ thuật tiên tiến trong các lĩnh vực y học quân sự và y học chung của quốc gia và quốc tế.