1. Xây dựng chiến lược, quy hoạch phát triển, chương trình, kế hoạch, đề tài, dự án khoa học công nghệ trình cấp có thẩm quyền phê duyệt và tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt.

2. Nghiên cứu khoa học cây lương thực, cây thực phẩm, cây công nghiệp và cây trồng khác về:

a) Di truyền, chọn tạo các giống cây trồng và nhân giống các cấp;

b) Điều tra, thu thập, đánh giá, lưu giữ và khai thác tài nguyên di truyền thực vật, côn trùng và vi sinh vật;

c) Sinh lý, sinh hoá, kỹ thuật canh tác; bảo vệ thực vật và phòng trừ dịch hại;

d) Đất, dinh dưỡng, phân bón và vật tư nông nghiệp;

đ) Ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực chọn tạo, nhân giống cây trồng và vi sinh vật;

e) Cơ giới hóa và công nghệ sau thu hoạch;

g) Kinh tế, hệ thống nông nghiệp và xây dựng nông thôn mới;

h) Bảo vệ môi trường; giảm thiểu và thích ứng với biến đổi khí hậu.

3. Chủ trì hoặc tham gia thực hiện các nhiệm vụ khoa học công nghệ trọng điểm cấp nhà nước.

4. Chuyển giao công nghệ, khuyến nông trong lĩnh vực nông nghiệp: giống cây trồng, vật nuôi, phân bón, dinh dưỡng, công nghệ chế biến, bảo quản sản phẩm nông nghiệp.

5. Khảo nghiệm, kiểm nghiệm, kiểm định giống cây trồng, vật tư, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, kiểm định chất lượng nông sản theo quy định của pháp luật.

6. Phân tích chất lượng đất, nước, không khí, vật tư nông nghiệp và nông sản.

7. Xây dựng và tham gia xây dựng các tiêu chuẩn, quy chuẩn quốc gia, định mức kinh tế - kỹ thuật nông nghiệp trình cấp có thẩm quyền phê duyệt theo nhiệm vụ được giao và theo quy định của pháp luật.

8. Đào tạo - Thông tin

- Đào tạo: Đào tạo sau đại học, đào tạo nghề, kỹ thuật viên nông nghiệp, bồi dưỡng kiến thức, kỹ năng về lĩnh vực chuyên môn cho cán bộ kỹ thuật, cán bộ quản lý, cán bộ khuyến nông, chủ trang trại và một số lĩnh vực khác về khoa học và công nghệ nông nghiệp có liên quan theo quy định của pháp luật.

- Thông tin: Xuất bản và phát hành Tạp chí Khoa học Công nghệ nông nghiệp.

9. Hợp tác quốc tế: Thực hiện các chương trình, dự án, đề tài hợp tác quốc tế song phương, đa phương trong các lĩnh vực nghiên cứu, phát triển công nghệ, đào tạo đại học và sau đại học trong nông nghiệp, bảo vệ môi trường sinh thái phục vụ cho sự phát triển nông nghiệp bền vững theo phân cấp của Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và quy định hiện hành của Nhà nước.

10. Tư vấn dịch vụ khoa học kỹ thuật, sản xuất và kinh doanh giống, vật tư nông nghiệp thuộc lĩnh vực nghiên cứu của Viện theo các quy định hiện hành; Liên doanh, liên kết với các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước trong nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, thử nghiệm kỹ thuật, công nghệ mới, đào tạo, sản xuất, kinh doanh phù hợp với năng lực của Viện theo quy định của pháp luật;

11. Quản lý, sử dụng có hiệu quả nguồn nhân lực, kinh phí, tài sản được giao theo đúng quy định của pháp luật.

12. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam giao.