Nội dung 1: Thu thập các véc tơ sốt xuất huyết và các chỉ số véc tơ của muỗi Aedes aegypti và Aedes albopictus

Công việc 1: Thực hiện kỹ thuật điều tra cắt ngang các chỉ số véc tơ và thu thập các véc tơ sốt xuất huyết

Nội dung 2: Thu thập muỗi, bọ gậy và nuôi trong phòng thí nghiệm

- Công việc 1: Soi bắt muỗi trưởng thành tại các điểm nghiên cứu, bao gồm trong nhà và ngoài nhà; bảo quản và vận chuyển về Khoa Côn trùng, Viện Sốt rét-KST-CT Quy Nhơn.

- Công việc 2: Thu thập bọ gậy, vận chuyển về phòng nuôi muỗi của Khoa Côn Trùng, Viện Sốt rét-KST-CT Quy Nhơn.

- Công việc 3: Định loại bọ gậy/muỗi Aedes aegypti và Aedes albopictus

- Công việc 4: Nuôi bọ gậy đến khi đủ số lượng muỗi Aedes aegypti và Aedes albopictus trưởng thành để thử nhạy cảm với các hóa chất diệt côn trùng.

Nội dung 3: Thực hiện các thử nghiệm độ nhạy cảm với hóa chất

- Công việc 1: Thử nhạy cảm của muỗi Aedes spp. với hóa chất theo quy trình “Hướng dẫn quy trình nhạy cảm của muỗi Aedes spp. với hóa chất diệt muỗi” của Bộ Y tế năm 2010.

- Công việc 2: Đo lường tỷ lệ muỗi sống/chết sau khi tiếp xúc với thuốc diệt côn trùng

Nội dung 4: Phân tích và báo cáo kết quả về các chỉ số véc tơ, số lượng và tỷ lệ muỗi thu thập được, tỷ lệ muỗi nhạy/kháng từng loại hóa chất.

- Công việc 1: Phân tích số liệu để xác định tỷ lệ muỗi sống/chết sau thử nghiệm, đánh giá nhạy/kháng theo từng loại thuốc, so sánh khác biệt giữa các nhóm thử nghiệm theo từng điểm nghiên cứu; các chỉ số véc tơ, tỷ lệ các loài muỗi, bọ gậy thu thập được.

- Công việc 2: Viết báo cáo kết quả và biểu diễn kết quả phân tích bằng phần mềm thống kê sinh học SPSS 20.0.

Nội dung 5: Tách chiết DNA và xác định loài bằng kỹ thuật PCR

- Công việc 1: Tách chiết DNA muỗi Aedes spp. theo quy trình của QIAgen

- Công việc 2: Xác định loài muỗi Aedes spp. bằng kỹ thuật Multiplex PCR

Nội dung 6:  Giải trình tự xác định đột biến các gen kháng thuốc

- Công việc 1: Khuyếch đại các gen kháng thuốc bằng kỹ thuật Multiplex PCR

- Công việc 2: Tinh sạch sản phẩm PCR bằng kit hoặc hạt bead từ và định lượng DNA bằng Nanod-rop.

- Công việc 3: Giải trình tự xác định các đột biến gen cụ thể bằng phương pháp giải trình tự thế hệ mới (NGS) bằng hệ thống Illumia.

Nội dung 7: Phân tích số liệu và báo cáo kết quả

- Công việc 1: Phân tích dữ liệu thu được sau khi giải trình tự với các công cụ tin sinh học để xác định các biến thể di truyền, các SNPs, đột biến liên quan đến kháng hóa chất.

- Công việc 2: Xử lý các số liệu về sự phân bố và tỷ lệ của các gen kháng trong các quần thể muỗi tại các khu vực nghiên cứu khác nhau bằng phần mềm xử lý số liệu SPSS 20.0

- Công việc 3: Báo cáo kết quả bao gồm viết báo cáo kết quả, biểu diễn kết quả bằng một số phần mềm tin sinh như công cụ R, Graphpad prism, IGV, Bioedit, MEGA, Popart, GATK (Genome Analysis Toolkit) HaplotypeCaller hoặc FreeBayes… Vẽ bản đồ tỷ lệ và phân bố các gen kháng thuốc bằng phần mềm GIS.

Nội dung 8: Khuếch đại gen mục tiêu COX1/ITS2

- Công việc 1: Xác định loài bằng kỹ thuật Multiplex PCR

- Công việc 2: khuyếch đại gen COX 1 và ITS2 bằng kỹ thuật PCR

Nội dung 9: Giải trình tự gen COX1/ITS2

- Công việc 1: Tinh sạch sản phẩm PCR bằng kit hoặc hạt bead từ và định lượng DNA bằng Nanod-rop.

- Công việc 2: Giải trình tự toàn bộ gen COX1/ITS2 bằng phương pháp giải trình tự Sanger xác định sự đa dạng nucleotide

Nội dung 10: Phân tích và báo cáo kết quả về đa dạng di truyền quần thể muỗi

- Công việc 1: Phân tích dữ liệu sau khi giải trình tự bằng các công cụ tin sinh học để đánh giá sự đa dạng nucleotide

- Công việc 2: Phân tích các chỉ số đa dạng di truyền quần thể bao gồm các chỉ số dị hợp tử (He), đa dạng haplotype, vẽ mạng lưới haplotype, đánh giá giá trị Tajima’s D, Fu and Li’s D, cấu trúc quần thể Fst… bằng các phần mềm tin sinh học.

- Công việc 3: Phân tích phân bố và tỷ lệ các SNP và so sánh sự khác biệt của các quần thể muỗi Aedes giữa các điểm nghiên cứu bằng phần mềm thống kê sinh học SPSS 20.0.

- Công việc 4: Báo cáo kết quả: viết báo cáo và biểu diễn các kết quả bằng các phần mềm tin sinh học như công cụ R, Graphpad prism, DNASP, Bioedit, MEGA, Popart, GATK (Genome Analysis Toolkit) HaplotypeCaller hoặc FreeBayes

- Sản phẩm dạng I:

02 bài báo trong và nước ngoài

Trình tự gen đăng ký trên website NCBI

- Sản phẩm dạng II:

Chuyên đề 1: Tính nhạy/kháng hóa chất của quần thể muỗi Aedes spp.

Chuyên đề 2: Một số đột biến gen kháng hóa chất của quần thể muỗi Aedes spp

Chuyên đề 3: Sự đa dạng di truyền của quần thể muỗi Aedes spp.

Báo cáo hội thảo chuyên đề

Báo cáo tổng hợp kết quả đề tài

Báo cáo tóm tắt kết quả đề tài