BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN QUỐC GIA VỀ KHOA HỌC, CÔNG NGHỆ VÀ ĐỔI MỚI SÁNG TẠO

Các nhiệm vụ khác
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  43,752,684
  • Ứng dụng kết quả thực hiện nhiệm vụ

2018-48-1194/KQNC

Phân tích hệ gen biểu hiện (exome + transcriptome) của cá tra nhằm phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống cá tra theo hướng tăng trưởng (Giai đoạn 1)

Viện Nghiên cứu hệ gen

Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam

Quốc gia

TS. Kim Thị Phương Oanh

TS. Lê Thị Nguyên Bình; TS. Võ Bích Thủy; TS. Nguyễn Thùy Dương; TS. Nguyễn Đăng Tôn; PGS. TS. Nguyễn Huy Hoàng; TS. Nguyễn Văn Sáng; ThS. Nguyễn Thành Phương; ThS. Nguyễn Hoàng Vũ; KS. Nguyễn Thị Hoa

Di truyền học và nhân giống thuỷ sản

23/06/2028

2018-48-1194/KQNC

24/12/2028

Cục Thông tin KH và CN Quốc gia

- Giải mã và xây dựng được bản thảo đầu tiên của hệ gen (genome) cá tra. Kích thước bộ gen cá tra được ước tính khoảng 900Mbp, Độ bao phủ base (base coverage) đạt khoảng 127X. Bộ gen cá tra được lắp ráp gồm: 568 scalffolds, trong đó 563 có độ dài >1000bp, scalffold dài nhất là 37.5 Mbp, N50 đạt 14.29 Mbp. Đây là dữ liệu genome đầu tiên của cá tra, có thể dùng làm trình tự tham chiếu cho các nghiên cứu tiếp theo. - Xây dựng cơ sở dữ liệu hệ gen biểu hiện (transcriptome) của hai nhóm cá tra sinh trưởng nhanh và sinh trưởng chậm; Transcriptome của nhóm sinh trưởng chậm lắp ráp được 64809 contig với chiều dài là 876bp. Hệ gen biểu hiện được chú giải và xác định được các contig có biểu hiện khác biệt ở nhóm sinh trưởng nhanh và sinh trưởng chậm, có khả năng liên quan đến tính trạng tăng trưởng. - Sử dụng các phương pháp tin sinh học, chúng tôi đã sàng lọc ra 369 SNP ứng viên tiềm năng có sự khác biệt giữa nhóm cá tra sinh trưởng nhanh và sinh trưởng chậm. Tiếp theo, dựa trên sự chú giải chứa năng các transcript có chứa SNP và dự đoán ảnh hưởng SNP tới tính trạng, chúng tôi lựa chọn 99 SNP để thiết kế mồi kiểm nghiệm lại trên 200 cá thể cá tra. Từ đó, lựa chọn được 8 SNP là các chỉ thị phân tử tiềm năng liên quan đến tính trạng tăng trưởng và định hướng ứng dụng trong công tác chọn giống cá tra. - Cơ sở dữ liệu genome, transcriptome và SNP của cá tra từ đề tài này đã làm tiền đề và mở ra các nghiên cứu tiếp theo nhằm phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống cá tra theo hướng tăng trưởng. Đồng thời, phương pháp nghiên cứu hệ gen trên cá tra là tiền đề cho các nghiên cứu tương tự trên các đối tượng cá kinh tế khác
15524
Đề tài đặt nhiệm vụ xây dựng được ngân hàng gen biểu hiện (exome + transcriptome) liên quan đến tính trạng tăng trưởng. Từ nghiên cứu này, chúng tôi xác định được chỉ thị phân tử tiềm năng liên quan đến tính trạng tăng trưởng. Đề tài nghiên cứu khoa học có định hướng ứng dụng lâu dài cho công tác chọn giống cá tra sinh trưởng nhanh. Chỉ thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở cá tra có thể được thử nghiệm và được ứng dụng trong chương trình chọn giống nhờ sự hỗ trợ của chỉ thị phân tử MAS (Marker Assisted Selection) rút ngắn thời gian chọn giống và đem lại hiệu quả kinh tế. Kết quả của đề tài tiếp tục được nghiên cứu và thử nghiệm tại các trung tâm nghiên cứu thuộc Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản 2 trong pha nghiên cứu tiếp theo.

Cá tra; Hệ gen; Chỉ thị phân tử; Tăng trưởng; Phân tích.

Ứng dụng

Đề tài KH&CN

Khoa học nông nghiệp,

Cơ sở để xây dựng đề án SXTN,

Số lượng công bố trong nước: 0

Số lượng công bố quốc tế: 0

Không

01 Thạc sỹ