Trên cơ sở nghiên cứu đặc điểm tinh thể, khoáng vật, ngọc học của rubi, saphir, spinel, turmalin vùng mỏ Yên Bái đã sơ bộ luận giải điều kiện thành tạo đá quý. Sự có mặt của nhiều bao thể khoáng vật có nguồn gốc khác nhau như apatit, calcit, rutil, zircon, spinel, sphen, phlogopit cho phép suy đoán sự hình thành mỏ đá quý liên quan chặt chẽ với quá trình biến chất tiếp xúc trao đổi có sự tham gia tích cực của dung dịch hậu magma giàu chất bốc. Điều kiện thuận lợi cho khoáng hóa là sự có mặt của các đá biến chất giàu nhôm, đá hoa đolomit có tính khử silic cao, hoạt động magma granitoiđ kiềm dọc các đứt gãy sông Hồng, sông Chảy