Chất lượng nước trong hồ chứa do ngăn đập tốt hơn chất lượng trung bình của dòng chảy tập trung từ lưu vực vào hồ. Hàm lượng vi khuẩn và chất nhiễm bẩn giảm xuống, độ đục cũng giảm đi. Tuy nhiên, đập ngăn cũng gây một số ảnh hưởng có hại cho nước như: giảm độ thông khí do dòng chảy có vận tốc thấp và chiều sâu nước tăng lên, làm tăng hàm lượng sắt và mangan, tăng tảo thực vật, xuất hiện sự chênh lệch nhiệt độ, v.v. Biện pháp khắc phục: làm cống lấy nước có nhiều công trình, tháo nước bằng tràn bổ sung nước có chất lượng cao vào hồ, thông khí nước ở hạ lưu và phá hủy sự phân tầng nhiệt độ bằng cách trộn lẫn toàn bộ khối nước trong hồ chứa