Hiện tại, chất lượng nước sông La khá tốt, thể hiện qua các chỉ tiêu DO, BODT và COD, mặt khác hàm lượng các muối dinh dưỡng ở đây khá cao, thuận lợi cho thủy sinh vật phát triển ổn định. Thành phần vi tảo ở sông La khá phong phú và đa dạng, gồm 136 loài và dưới loài thuộc 5 ngành: Cyanobacteria, Bacillasiophyta; Pyrrophyta; Euglenophyta và Chlorophyra. Trong đó, tảo silic và tảo lục luôn chiếm ưu thế với các chi chủ đạo là Naviaila và Sanedesmas. Thành phần loài có sự thay đổi theo mặt cắt. ở Linh Cảm và cầu Chợ Thượng, chủ yếu là tảo silic, riêng ở cuối Sông La thành phần loài đa dạng và phong phú hơn