BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  22,435,405
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Di truyền và nhân giống động vật nuôi

Chu Đức Hà, Nguyễn Thị Nho, Nguyễn Hữu Đức, Nguyễn Quốc Trung, Trần Thị Phương Liên, Lê Thị Ngọc Quỳnh(1), Hà Thị Quyến

Nghiên cứu đặc tính lý hóa và xây dựng mô hình cấu trúc không gian của nhóm nhân tố phiên mã yếu tố nhân y ở giống chó Dingo (Canis familiaris dingo)

Analysis of physic-chemical properties and construction of the structural model of nuclear factor Y transcription factors in Dingo (Canis familiaris dingo)

Khoa học và Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam

2021

6

135 - 140

1859 - 1558

Chó Dingo, NF-Y, Đặc tính lý hóa, Cấu trúc, Tin sinh học

Dingo, NF-Y, Physic-chemical properties, Structure, Bioinformatics

Yếu tố nhân Y (NF-Y) là một trong những nhóm protein điều hòa đóng vai trò nhân tố trung tâm trong các cơ chế điều hòa hoạt động của gen ở các loài trong sinh giới. Trong nghiên cứu này, thông tin về họ NF-Y ở giống chó Dingo (Canis familiaris dingo), bao gồm chú giải, đặc điểm lý hóa, cấu trúc gen, vùng domain đặc trưng, cấu trúc không gian, cấu trúc ARN, đã được tìm hiểu thông qua công cụ tin sinh học. Tiểu phần NF- YA gồm 347 axít amin và có trọng lượng phân tử 36,88 kDa, trong khi hai tiểu phần NF-YB và NF-YC có kích thước và trọng lượng phân tử lần lượt là 207 axít amin, 22,81 kDa và 402 axít amin, 44,69 kDa. Các tiểu phần không ổn định trong điều kiện ống nghiệm và có tính ưa nước, tương tự như ở các loài sinh vật khác. Phân tích cấu trúc cho thấy gen mã hóa NF-YA, NF-YB và NF-YC ở giống chó Dingo gồm 9, 6 và 10 exon. Kết quả của nghiên cứu này đã cung cấp những hiểu biết cơ bản về nhóm NF-Y ở giống chó Dingo.
 

Nuclear factor - Y (NF-Y) has been considered one of the major regulatory proteins that play a central role in regulating gene expression in the kingdom. Here, the information of NF-Y in Dingo (Canis familiaris dingo), including annotation, physic-chemical c-haracteristics, gene structure, conserved domains, 3D models and RNA structures, has been investigated by the bioinformatic approach. We found that the NF-YA subunit comprises 347 amino acids in length and 36.88 kDa in molecular weight, while NF-YB and NF-YC subunits range f-rom 207 (22.81 kDa) to 402 amino acids (44.69 kDa), respectively. Additionally, these proteins are unstable in the test tube and hyd-rophilic molecules as similar as in other organisms. Next, genes encoding NF-YA, NF-YB and NF-YC of Dingo contain 9, 6 and 10 exons, respectively. Taken together, our study could provide a basic understanding of the NF-Y in Dingo.
 

TTKHCNQG, CVv 490

Xem toàn văn
  • [1] Zheng; L.; George; P.; Sally; R. (2018), Multiple large-scale gene and genome duplications during the evolution of hexapods.,Proc. Natl. Acad. Sci., 115 (18): 4713-4718.
  • [2] Zheng; G.; Tu; K.; Yang; Q. (2008), ITFP: an integrated platform of mammalian transcription factors.,Bioinformatics, 24 (20): 2416-2417.
  • [3] Yamanaka; T.; Miyazaki; H.; Oyama; F. (2008), Mutant huntingtin reduces HSP70 expression through the sequestration of NF-Y transcription factor.,EMBO. J., 27 (6): 827-839.
  • [4] Wilkinson; A.C.; Nakauchi; H.; Göttgens; B. (2017), Mammalian transcription factor networks: Recent advances in interrogating biological complexity.,Cell Sys., 5 (4): 319-331.
  • [5] Sonu; Y.; Olga; D.; Meera; E. (2020), Desert Dingo (Canis lupus dingo) genome provides insights into their role in the Australian ecosystem.,bioRxiv, 11 (15): 384057.
  • [6] Narendja; F.M.;Davis; M.A.; Hynes; M.J. (1999), AnCF, the CCAAT binding complex of Aspergillus nidulans, is essential for the formation of a DNase I-hypersensitive site in the 5’ region of the amdS gene.,Mol. Cell. Biol., 19 (10): 6523-6531.
  • [7] Li; G.;Zhao; H.; Wang; L. (2018), The animal nuclear factor Y: an enigmatic and important heterotrimeric transcription factor.,Am. J. Cancer Res., 8 (7): 1106-1125.
  • [8] Kelley; L.; Mezulis; S.; Yates; C. (2015), The Phyre2 web portal for protein modeling, prediction and analysis.,Nat. Protoc., 10: 845-858.
  • [9] Kaplunovsky; A.; Ivashchenko; A.; Bolshoy; A. (2009), Statistics of exon lengths in animals, plants, fungi, and protists.,Int. J. Biol. Life Sci., 5: 139-144.
  • [10] Currie; R. (1998), Biochemical c-haracterization of the NF-Y transcription factor complex during B lymphocyte development.,J. Biol. Chem., 273 (29): 18220-18229.
  • [11] Coustry; F.; Sinha; S.; Maity; S.N.; Crombrugghe; B. (1998), The two activation domains of the CCAAT- binding factor CBF interact with the dTAFII110 component of the Drosophila TFIID complex.,Biochem J., 331: 291-297.
  • [12] Bo; H.; Jinpu; J.; An-Yuan; G. (2015), GSDS 2.0: an upgraded gene feature visualization server.,Bioinformatics, 31 (8): 1296-1297.
  • [13] Bellaousov; S.; Reuter; J.S.; Seetin; M.G.;Mathews; D.H. (2013), RNAstructure: Web servers for RNA secondary structure prediction and analysis.,Nucleic Acids Res., 41: 471-474.