Hoạt động chăn nuôi gây ra các nguy cơ về ô nhiễm môi trường, do phát sinh chất hữu cơ, vi khuẩn và các chất thải khác. Nước thải từ hoạt động chăn nuôi chảy trực tiếp hoặc gián tiếp ngấm vào đất và nước trên bề mặt. Khi các chất hữu cơ bị phân hủy sẽ tạo ra khí CH4 cao, gây nên khí độc có thể được giải phóng trong quá trình phân hủy sinh học của phân gia súc, vật nuôi. Do vậy, chất thải chăn nuôi cần được quản lý và áp dụng công nghệ xử lý đúng cách nhằm giảm các nguy cơ tác động đến môi trường như bể phân hủy sinh học, sản xuất khí sinh học và thu hồi NPK làm phân bón sinh học...