Ứng dụng giải trình tự gene thế hệ mới (NGS) để sàng lọc đa hình nucleotide đơn (SNP) liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở tu hài (Lutraria rhynchaen, Jonas 1844)

Chỉ số đề mục

69

Lĩnh vực nghiên cứu

Công nghệ gen; nhân dòng vật nuôi;

Dạng tài liệu

BB

Tác giả

Triệu Anh Tuấn⁽¹⁾, Thái Thanh Bình⁽²⁾

Nhan đề

Ứng dụng giải trình tự gene thế hệ mới (NGS) để sàng lọc đa hình nucleotide đơn (SNP) liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở tu hài (Lutraria rhynchaen, Jonas 1844)

Nhan đề tiếng anh

Application of next generation sequencing (NGS) for screening single nucleotide polymorphisms (SNP) related to growth traits of otter clam (Lutraria rhynchaen, Jonas 1844)

Nguồn trích

Tạp chí Khoa học và Công nghệ - Đại học Thái Nguyên

Năm xuất bản

2023

Số

05

Trang

89-96

ISSN

1859-2171

Từ khóa

Tu hài, Tăng trưởng, Giải trình tự, Sàng lọc, SNP

Từ khóa tiếng anh

Otter clam, Growth, Sequencing, Screening, SNP

Tóm tắt

Nghề nuôi tu hài (Lutraria rhynchaena) tại huyện Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh hiện nay gặp nhiều khó khăn do chất lượng con giống thấp, dịch bệnh thường xuyên xảy ra. Trên cơ sở đó, cần có những nghiên cứu nhằm nâng cao chất lượng con giống; đặc biệt là cần có sự kết hợp giữa di truyền số lượng và di truyền phân tử để chọn lọc được tính trạng mong muốn thông qua các chỉ thị phân tử. Trong nghiên cứu này, chúng tôi ứng dụng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới NovaSeq6000 để giải trình tự và sàng lọc các đa hình nucleotide đơn (SNPs) liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở tu hài. Kết quả đã sàng lọc được tổng số 1.470.534 SNPs cho cả hai nhóm tu hài, ở nhóm tu hài tăng trưởng nhanh xác định được 703.228 SNPs, ở tu hài tăng trưởng chậm xác định được 394.723 SNPs và xác định được 372.583 SNPs xuất hiện ở cả hai nhóm tu hài. Qua sàng lọc và phân tích liên kết thu được 20 SNP tiềm năng cho nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và 12 SNP tiềm năng cho nhóm tu hài tăng trưởng chậm. Các SNP được sàng lọc bước đầu là chỉ thị phân tử phục vụ cho các chương trình chọn giống tu hài ở Việt Nam trong tương lai.

Tóm tắt tiếng anh

Otter clam farming in Van Don, Quang Ninh has been encountering difficulties because of poor quality of breeds and more frequent disease outbreaks. On that basis, it is necessary to conduct genetic studies to improve the source of breeds, especially the combination of quantitative inheritance and molecular genetics to se-lect desirable traits by molecular indicator. In this study, we employed next-generation sequencing of gene technology NovaSeq6000 to sequence and screen single nucleotide polymorphism (SNPs) that relates to growth traits in otter clam. The results was screened shows that total 1,470,534 SNPs to 2 groups, in which 703.228 SNPs only appeared in fast-growing group, 394.723 SNPs only appeared in slow-growing group, and 372.583 SNPs appeared in both groups. Through screening and genetic linkage analysis, 20 potential SNPs for fast-growing group and 12 potential SNPs for slow-growing group were achieved. The study suggests that SNP Screen should be employed as a molecular indicator method to serve geoduck breed se-lection in Vietnam.

Kí hiệu kho

TTKHCNQG, CTv 178

File toàn văn

Xem toàn văn

Tài liệu tham khảo

[1] F. W. Allendorf, P. A. Hohenlohe, and G. Luikart (2010), Genomics and the future of conservation genetics,Nature Reviews Genetics
[2] M. Salem, R. L. Vallejo, T. D. Leeds, Y. Palti, S. Liu, and A. Sabbagh (2012), RNA-Seq identifies SNP markers for growth traits in rainbow trout,PLOS ONE
[3] T. Antao, A. Lopes, R. J. Lopes, A. Beja-Pereira, and G. Luikart (2008), LOSITAN: a workbench to detect molecular adaptation based on a Fst-outlier method,BMC Bioinformatics
[4] P. Kemppainen, C. G. Knight, D. K. Sarma, T. Hlaing, A. Prakash, and Y. N. Maung (2015), Linkage disequilibrium network analysis (LDna) gives a global view of chromosomal inversions, local adaptation and geographic structure,Molecular Ecology Resources
[5] G. Csardi and T. Nepusz (2006), The igraph software package for complex network research,InterJournal, Complex Systems
[6] N. C. Rochette, A. G. Rivera-Colón, and J. M. Catchen (2019), Stacks 2: Analytical methods for paired-end sequencing improve RADseq-based population genomics,Molecular Ecology
[7] J. M. Catchen, A. Amore, P. Hohenlohe, W. Cresko, and J. H. Postlethwait (2011), Stacks: Building and Genotyping Loci De Novo From Short-Read Sequences,G3: Genes, Genomes, Genetics
[8] Z. Gao, W. Luo, H. Liu, C. Zeng, X. Liu, S. Yi, and W. Wang (2012), Transcriptome Analysis and SSR/SNP Markers Information of the Blunt Snout Bream (Megalobrama amblycephala),PLOS ONE
[9] H. Li, B. Handsaker, A. Wysoker, T. Fennell, J. Ruan, and N. Homer (2009), The Sequence Alignment/Map format and SAMtools,Bioinformatics (Oxford, England)
[10] H. Li and R. Durbin (2009), Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform,Bioinformatics
[11] J. B. Puritz, C. M. Hollenbeck, and J. R. Gold (2014), dDocent: a RADseq, variant-calling pipeline designed for population genomics of non-model organisms,PeerJ
[12] A. M. Bolger, M. Lohse, and B. Usadel (2014), Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data,Bioinformatics
[13] R. J. Toonen, J. B. Puritz, Z. H. Forsman, J. L. Whitney, I. Fernandez-Silva, K. R. Andrews, and C. E. Bird (2013), ezRAD: a simplified method for genomic genotyping in non-model organisms,PeerJ
[14] D. T. Nguyen (2014), DNA marker techniques in study and selection of plant,Journal Biology
[15] M. T. Nguyen, T. M. T. Vo, H. Jung, and P. Mather (2015), A transcriptomic analysis of the kidney tissue of tra catfish reared in saline condition: De novo assembly, annotation, SNP discovery,Journal Biology
[16] M. T. Nguyen, A. C. Barnet, P. B. Mather, Y. Li, and R. E. Lyons (2011), Correlation of SNP in the crustacean hyperglycemic hormone genes with growth performance in giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii,Conference Proceedings National Fisheries Science
[17] K. L. Glenn, L. Grapes, T. Suwanasopee, D. L. Harris, Y. Li, K. Wilson, and M. F. Rothschild (2005), SNP analysis of AMY2 and CTSL genes in Litopenaeus vannamei and Penaeus monodon shrimp,Animal Genetics
[18] Y. X. Xu, Z. Y. Zhu, L. C. Lo, C. M. Wang, G. Lin, F. Feng, and G. H. Yue (2006), Characterization of two parvalbumin genes and their association with growth traits in Asian seabass (Lates calcarifer),Animal Genetics
[19] W. J. Tao and E. G. Boulding (2003), Associations between single nucleotide polymorphisms in candidate genes and growth rate in Arctic charr (Salvelinus alpinus L.),Heredity
[20] N. D. Beuzen, M. J. Stear, and K. C. Chang (2000), Molecular markers and their use in animal breeding,Veterinary Journal
[21] Z. Liu (2007), Single nucleotide polymorphism (SNP),Aquaculture Genome Technologies
[22] J. Fernández, M. A. Toro, A. K. Sonesson, and B. Villanueva (2014), Optimizing the creation of base populations for aquaculture breeding programs using phenotypic and genomic data and its consequences on genetic progress,Frontiers in Genetics
[23] Z. Liu and J. Cordes (2004), DNA marker technologies and their applications in aquaculture genetics,Aquaculture
[24] E. S. Lander (1996), The new genomics: global views of biology,Science
[25] T. B. Thai, P. Y. Lee, M. H. Gan, C. M. Austin, L. J. Croft, A. T. Trieu, and H. M. Tan (2019), Whole Genome Assembly of the Snout Otter Clam, Lutraria rhynchaena, Using Nanopore and Illumina Data, Benchmarked Against Bivalve Genome Assemblies,Frontiers in Genetics