Kiến trúc hình thái biển Đông rất đa dạng và phức tạp bao gồm thềm lục địa, sườn lục địa, trũng sâu biển rià và các quần đảo. Móng granit của thềm lục địa thường bị hạ xuống theo kiểu bậc thang, phần ngoài gặp các đới nâng tạo thành các bẫy trầm tích rất lớn. Diện tích thềm lục địa phân bố rất đối xứng: rộng ở phiá bắc và phiá nam, thu hẹp lại ở miền Trung. Hai phần Bắc, Nam là các bồn trũng lớn với bề dày trầm tích cực đại 14km. Sườn lục địa tính từ độ sâu 200-300m đến 3000m, có địa hình phân dị khá mạnh, đa số diện tích là đồi và núi thấp. Trũng sâu của biển rià gồm toàn bộ đồng bằng tích tụ dạng lòng máng nằm trong đới tách giãn. Các quần đảo Hoàng Sa và trường Sa là kiến trúc lục địa sót giữa biển Đông, có chiều cao từ vài chục mét đến gần một mét, cấu tạo chủ yếu là đá san hô tạo thành cao nguyên san hô chuyển tiếp xuống vùng kế cận bằng một vách khá dốc 60-70.