Hệ thực vật ở vườn quốc gia Yok Đôn có 566 loài thuộc 290 chi và 108 họ. Các họ đa dạng nhất có 16 họ, chiếm 14 tổng số họ trong hệ thực vật nhưng có tới 288 loài chiếm 50,9 tổng số loài của hệ thực vật. Các chi đa dạng nhất là 19 chi, chiếm 6,5 tổng số chi của hệ thực vật nhưng có tới 115 loài chiếm 20,3 tổng số loài của cả hệ thực vật. Giá trị tài nguyên khu vực nghiên cứu gồm 530 loài, chiếm 93 tổng số loài. Các loài cây có nguy cơ bị tiêu diệt có 14 loài, chiếm 2 tổng số loài cây trong hệ thực vật. Hệ cây gỗ Yok Đôn rất đa dạng về yếu tố địa lý với 523 loài được xếp vào 19 yếu tố địa lý khác nhau. Hệ cây gỗ cũng ổn định và ít bị tác động. Thảm thực vật thuộc lớp quần hệ rừng rậm với 2 phân lớp: phân lớp quần hệ rừng thường xanh nhiệt đới và phân lớp quần hệ rừng rụng lá nhiệt đới gồm 6 quần xã khác nhau