Chitosan có thể dùng để tinh chế agar trở thành sản phẩm có độ tinh khiết cao hơn: màu sắc trắng đẹp, hàm lượng tro từ 1,5-2, sức đông tăng khoảng 100g/cm2; thời gian hòa tan ngắn, khoảng 15-30 phút; tỷ lệ thu hồi 90-95. Với dịch chiết rong câu chỉ vàng, nếu được xử lý bằng chitosan có thể nhận được agar có: màu sắc trắng bóng, hàm lượng tro 1,5-2, sức đông tăng 150g/cm2, đặc biệt có thể đạt mức độ tăng 200g/cm2; thời gian hòa tan 30-40 phút; tỷ lệ thu hồi giảm 2-3 so với không xử lý. Dùng chitosan trong tinh chế và nâng cao chất lượng agar giúp giải quyết khó khăn về công nghệ, đặc biệt là quá trình lọc thực hiện dễ dàng, giải quyết được những tồn tại về chất lượng agar hiện nay, song chi phí sản xuất tăng lên từ 10.000-12.000 đ/kg agar. Để khắc phục nhược điểm này có thể sản xuất đồng thời agar với chitin để tận dụng NaOH phế thải từ quá trình khử gốc acetyl, làm giảm giá thành chitosan