Vườn quốc gia Cúc Phương là khu rừng nguyên sinh nằm trọn trong sinh cảnh địa lý đới karst xâm thực có nhiều hang động tạo nên sự đa dạng sinh học về thành phần các loài dơi và nơi sống của chúng. Vườn quốc gia Cúc Phương đã xác định được 39 loài dơi thuộc 18 giống, 6 họ của 2 phân bộ Megachinoptera và Microchiroptera. Trong đó có 5 loài dơi được phát hiện đầu tiên ở Việt Nam Pipistrellus cadornae Thomas, Pipistrellus paterculus Thomas, Pipistrelus pulveratus Peter, Hipposideros lylei Thomas, Miniopterus australis Tomes. 2 loài dơi được hiệu đính tên là Hipposideros bicolor temminck và Asellicus stoliezkanus Dobson. Loài Rhinolophus blasii không phân bố ở Việt Nam. Phát hiện được 8 loài dơi hiếm (R) của Việt Nam, trong đó bổ sung 3 loài lần đầu tiên tìm thấy ở Việt Nam: Coelops frithii Blyth, Ia io Thomas, Rhinolophus paradoxolophus Bourret, Cynopterus brachyotis Miiler, Myotis siligorensis Horsfield, Pipistrellus cadornae Thomas, Pipistrellus paterculus Thomas, và Pipisterllus pulverratus Peter. Có 27 loài dơi (69,2) trú ngụ ở hang, động, 13 loài (33,3) kiếm ăn ở ven suối, nơi quang đãng; 6 loài dơi quả kiếm ăn ở vườn cây quả và chỉ có 2 loài dơi muỗi kiếm ăn và trú ngụ ở khu dân cư