BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  24,654,793
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Công nghệ gen; nhân dòng vật nuôi;

Hồ Nguyễn Quỳnh Chi, Trần Thị Minh, Ngô Thái Minh Quân, Lý Ngọc Cang, Hoàng Nghĩa Quang Huy, Nguyễn Thị Thương Huyền, Nguyễn Thái Minh, Nguyễn Thị Thủy Trâm, Đặng Văn Sơn, Lê Văn Thọ, Nguyễn Thị Mai Hương, Hoàng Nghĩa Sơn, Đoàn Chính Chung, Lê Thành Long(1)

Quan hệ di truyền dựa trên gene cytochrome b ở heo rừng việt nam tỉnh Đắk Nông

Cytochrome b based genetic relationship of wild boars from dak nong province of vietnam

Tạp chí Khoa học - Đại học Sư phạm TP Hồ Chí Minh

2021

12

2138-2146

1859-3100

Cytochrome b, Quan hệ phát sinh loài, Vị trí biến đổi, Heo rừng

Cytochrome b, Phylogenetics, Variable position, Wild boars

Nghiên cứu nhằm đánh giá mối quan hệ di truyền của heo rừng tỉnh Đắk Nông dựa trên trình tự gene cytochrome b. Kết quả sắp xếp trình tự cho thấy tồn tại 26 điểm đa hình đơn nucleotide (SNP) giữa các haplotype ở heo rừng Đắk Nông với các haplotype khác từ châu Á và châu Âu. Vùng biến đổi mạnh xuất hiện từ vị trí 15029 đến 15045. Haplotype DKN3 và nhóm heo rừng bản địa Việt Nam biểu hiện một vị trí các SNP giống hệt nhau là TATG; trong khi các haplotype DKN1, DKN4-DKN7 và nhóm heo rừng lai Việt Nam cùng biểu hiện hai vị trí SNP CATA và CATG. Các haplotype DKN1, DKN4-DKN7 và nhóm heo rừng lai Việt Nam có mối quan hệ di truyền chặt chẽ với lợn rừng châu Á; trong khi haplotype DKN3 và heo rừng bản địa Việt Nam nằm trong nhánh tách rời của cây phát sinh loài. Kết quả này cho thấy có hai quần thể heo rừng ở Đắk Nông, dẫn đến kết luận rằng heo rừng bản địa Việt Nam và heo rừng lai Việt Nam có sự phân bố trải rộng khắp Tây Nguyên.

This study aimed to estimate the genetic relationship of wild boars from Dak Nong province by cytochrome b. The sequence alignment showed 26 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) between haplotypes from Dak Nong with others from Asia and Europe. A highly variable region was from the position at 15029 to 15045. The haplotype DKN3 and Vietnamese native wild boar haplotypes showed identical SNPs (TATG), while the others (DKN1 and DKN4-DKN7) and Vietnamese hybrid wild boar haplotypes exposed two SNPs (CATA and CATG). The haplotypes DKN1, DKN4-DKN7, and Vietnamese hybrid wild boar haplotypes had a close genetic relationship with Asian wild boar haplotypes, whereas the haplotype DKN3 and Vietnamese native wild boar haplotypes were located in the separated clade of the phylogenetic tree. These results indicated that there were two wild boar populations in Dak Nong. This reveals that the Vietnamese native wild boars and Vietnamese hybrid wild boars have been distributed throughout the Central Highlands.

TTKHCNQG, CTv 138

Xem toàn văn
  • [1] Wu, G. S., Yao, Y. G., Qu, K. X., Ding, Z. L., Li, H., Palanichamy, M. G., Duan, Z. Y., Li, N., Chen, Y. S., & Zhang, Y. P. (2007), Population phylogenomic analysis of mitochondrial DNA in wild boars and domestic pigs revealed multiple domestication events in East Asia,Genome Biol, 8, R245.
  • [2] Vilaca, S. T., Biosa, D., Zachos, F., Iacolina, L., Kirschning, J., Alves, P. C., Paule, L., Gortázar, C., Mamuris, Z., Jedrzejewska, B., et al. (2014), Mitochondrial phylogeography of the European wild boar: The effect of climate on genetic diversity and spatial lineage sorting across Europe,J Biogeogr, 41(5), 987-998.
  • [3] Tsai, T. S., Rajasekar, S., & St. John, J. C. (2016), The relationship between mitochondrial DNA haplotype and the reproductive capacity of domestic pigs (Sus scrofa domesticus),BMC Genet, 17, 67.
  • [4] Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., & Kumar, S. (2013), MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Molecular biology and evolution,30. 10.1093/molbev/mst197
  • [5] Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., & Kumar, S. (2011), MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods,Mol Biol Evol, 28(10), 2731-2739.
  • [6] Scandura, M., Iacolina, L., & Apollonio, M. (2011), Genetic diversity in the European wild boar Sus scrofa: phylogeography, population structure and wild x domestic hybridization.,Mammal Review, 41(2), 125-137.
  • [7] Saitou, N., & Nei, M. (1987), The Neighbor-Joining Method: A New Method for Reconstructing Phylogenetic Trees,Mol Biol Evol, 4(4), 406-425.
  • [8] Pradhan, M., Pal, A., Samanta, A. K., Banerjee, S., & Samanta, R (2018), Mutations in cytochrome B gene effects female reproduction of Ghungroo pig,Theriogenology, 119, 121-130.
  • [9] Niu, T., Yu, L., He, X., Zhao, S., & Xu, C. (2019), The complete mitochondrial genome of Min pig (Hebao) and a phylogenetic analysis.,Mitochondrial DNA Part B, 4(2), 3657-3658.
  • [10] Mona, S., Randi, E., & Ponzetta, M. T. (2007), Evolutionary history of the genus Sus inferred f-rom cytochrome b sequences.,Mol Phylogenet Evol, 45(2), 757-762
  • [11] Le,.T. L., Nguyen, T. P. M., Doan, M. C., Do,. M. C., Ho, N. Q. C., & Hoang, N. S. (2014), The genetic relationship of Vietnamese pigs in Central Highlands assessed by cytochrome b,Open J Genet, 4(5), 362-369.
  • [12] Lee, C. E. (2002), Evolutionary Genetics of Invasive Species.,Trends Ecol Evol, 17(8), 386-391.
  • [13] Larson, G., Dobney, K., Albarella, U., Meiying, F., Matisoo-Smith, E., Robins, J., Lowden, S., Finlayson, H., Brand, T., Willerslev, E., Rowley-Conwy, P., Andersson, L., & Cooper, A. (2005), Worldwide phylogeography of Wild Boar Reveals Muliple Centers of pig domestication,Science, 307(5715), 1618-1621.
  • [14] Jones, G. F. (1998), Genetic Aspects of Domestication, Common Breeds and Their Origin,In: Rothschild, M.F. and Ruvinsky, A., Eds., The genetics of the Pig, CAB International, Wallingford, 17-50.
  • [15] Jadav, K. K., Shrivastav, A. B., Rajput, N., & Joshi, H. R. (2014), Cytochrome b gene based phylogeny and genetic differentiation of Indian wild pig (Sus scrofa cristatus),Indian Res J Genet Biotechnol, 6(4), 605-612.
  • [16] Ishiguro, N., Sasaki, M., Iwasa, M., Shigehara, N., Hongo, H., Anezaki, T., Long, V. T., Lan, D. T. B., & Long, P.T. (2008), mtDNA Variation in Vietnamese pigs, with particular emphasis on the genetic relationship between wild boars f-rom Vietnam and the Ryukyu Islands.,Mammal Study, 33(2), 51-68.
  • [17] Groves, C. P., Schaller, G. B., Amato, G., & Khounboline, K. (1997), Rediscovery of the wild pig Sus bucculentus,Nature, 386, 335.
  • [18] Giuffra, E., Kijas, J. M., Amarger, V., Carlborg, O., Jeon, J. T., & Andersson, L. (2000), The Origin of the domestic pig: independent domestication and subsequent introgression.,Genetics, 154(4), 1785-1791.
  • [19] Garcias, G., Vergara, J., & Lombardi, R. (2011), Genetic c-haracterization and phylogeography of the wild boar Sus scrofa introduced into Uruguay,Genet Mol Biol, 34(2), 329-337.
  • [20] Fernández, A. I., Alves, E., Fernández, A., de Pedro, E., López-García, M. A., Ovilo, C., Rodríguez, M. C., & Silió, L. (2008), Mitochondrial Genome Polymorphisms Associated with Longissimus Muscle Composition in Iberian Pigs,J Anim Sci, 86(6), 1283-1290
  • [21] Clop, A., Amills, M., Noguera, J. L., Fernández, A., Capote, J., Ramón, M. M., Kelly, L., Kijas, J. M. H., Andersson, L., & Sànchez, A (2004), Estimating the frequency of Asian cytochrome B haplotypes in standard European and local Spanish pig breeds.,Genet Sel Evol, 36, 97.
  • [22] Amills, M., Megens, H. J., Manunza, A., Ramos-Onsins, S. E., & Groenen, M. A. (2018), A genomic perspective on Wild Boar Demography and Evolution. In: Meletti M, Meijaard E, editors,Ecology, Conservation and Management of Wild Pigs and Peccaries. Cambridge University Press, 376-387