VNĐ99-3 là giống lúa được chọn lọc trực tiếp từ nguồn biến dị đột biến phóng xạ trên giống lúa Nàng Hương. Giống lúa đột biến VNĐ99-3 đã được cải thiện rõ rệt về dạng hình và đặc điểm sinh trưởng so với giống gốc: thời gian từ gieo đến chín khoảng 92-102 ngày; chiều cao đạt 92-100cm; dạng thân gọn, cứng, góc lá đòng thẳng, đẻ nhánh khá, bông to, nhiều hạt, trọng lượng 1000 hạt đạt 26-27g, năng suất thực tế đạt 5-7,5 tấn/ha trong điều kiện sản xuất ở vùng Đông Nam bộ. Giống có khả năng kháng rầy tốt; nhiễm đạo ôn trung bình; ít nhiễm vàng lá, đốm vằn; chống chịu tốt bệnh cháy bìa lá, lúa von. Chất lượng gạo, cơm của giống VNĐ99-3 đáp ứng tiêu dùng, chế biến hoặc xuất khẩu.