BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  22,653,781
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Khoa học kỹ thuật và công nghệ

BB

Đoàn Tiểu Linh, Nguyễn Phan Hữu Thắng, Quách Phước Duy, Trần Thùy Dương, Trần Thị Thiên Lý, Trần Quang Đệ(2), Nguyễn Thị Như Ý(3), Nguyễn Trọng Tuân, Nguyễn Cường Quốc(1)

THIẾT KẾ VÀ ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG ỨC CHẾ SUCCINATE DEHYDROGENASE CỦA CÁC DẪN XUẤT ALOE-EMODIN BẰNG PHƯƠNG PHÁP TÍNH TOÁN MÔ PHỎNG

EXPLORATION OF ALOE-EMODIN DERIVATIVES AS POTENTIAL SUCCINATE DEHYDROGENASE INHIBITORS VIA COMPUTATIONAL SIMULATION STUDIES

Tạp chí Khoa học và Công nghệ Cần Thơ

2024

4

31

Succinate dehydrogennase (SHD) là mục tiêu quan trọng trong kiểm soát và ức chế các loại nấm bệnh thực vật. Trong nghiên cứu này, bộ dữ liệu bao gồm 32 hợp chất đã được thiết kế dựa trên khung sườn aloe-emodin. Các nghiên cứu tính toán mô phỏng đã được dự đoán tương tác giữa các hợp chất này với SDH (PDB ID: 2FBW). Kết quả cho thấy các hợp chất thể hiện các tương tác mạnh với các amino acid tại vị trí hoạt động SDH. Năng lượng liên kết được dự đoán đều thấp hơn -6,0 kcal/mol, trong khi năng lượng liên kết của carboxin (hợp chất đối chứng) là -6,5 kcal/mol. Đặc biệt, dẫn xuất 05 (3-methyl-9,10-dioxo-9,10-dihydroanthrancene-1,8-diyl dibenzoate) có năng lượng được dự đoán thấp nhất là -10,5 kcal/mol (chênh lệch 4,0 kcal/mol so với carboxin). Do đó, hợp chất này được xem là tiềm năng cho các nghiên cứu tổng hợp và đánh giá hoạt tính sinh học (in vitro, in vivo) trong tương lai.

Succinate dehydrogenase (SDH) is a crucial target for controlling and inhibiting various plant pathogenic fungi. In this study, a dataset of 32 compounds was designed based on the aloe-emodin scaffold. Computational simulations were performed to predict interactions between these compounds and SDH (PDB ID: 2FBW). The results indicated that the compounds exhibited strong interactions with the amino acids at the SDH active site. The predicted binding energies were all lower than -6.0 kcal/mol, while the binding energy of carboxin (the reference compound) was -6.5 kcal/mol. In particular, derivative 05 (3-methyl-9,10-dioxo-9,10-dihydroanthracene-1,8-diyl dibenzoate) had the lowest predicted binding energy of -10.5 kcal/mol, which is a 4 kcal/mol difference compared to carboxin. Therefore, this compound is considered a potential candidate for future synthesis and bioactivity evaluation studies.

Xem toàn văn