Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  22,109,821
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Lê Thị Tuyết(1), Nguyễn Thị Trung Thu

PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH KIỂU GEN VÀ TẦN SỐ ALEN CỦA ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN RS12970134 GẦN THỤ THỂ MELANOCORTIN-4 Ở TRẺ MẦM NON TẠI HÀ NỘI

GENOTYPING METHOD AND FREQUENCY OF SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM RS12970134 NEAR MC4R GENOTYPES IN VIETNAM PRESCHOOL CHIDREN POPULATION

Tạp chí Khoa học và Công nghệ - Đại học Thái Nguyên

2020

05

Thụ thể Melanocortin-4 có liên quan đến bệnh béo phì, kháng insulin do đóng vai trò quan trọng trong việc điều hòa lượng thức ăn ăn vào, cân bằng nội môi và khối lượng cơ thể. Mục tiêu của nghiên cứu này là xây dựng được phương pháp AS-PCR phân tích kiểu gen của đa hình nucleotide đơn rs12970134 gần thụ thể Melanocortin-4 và xác định tỉ lệ alen của đa hình nucleotide đơn này ở trẻ em 3-5 tuổi tại Hà Nội. Nghiên cứu đã thiết kế được các đoạn mồi để xác định alen của đa hình nucleotide đơn rs12970314 gồm mồi xuôi phát hiện alen G 5'-tcttaccaaacaaagcatgtg-3', phát hiện alen A 5'-tcttaccaaacaaagcatgta-3'; và mồi ngược 5'-gtcattcccactaccacctg-3'. Chu trình nhiệt của phản ứng PCR được tối ưu hóa là 94oC (3 phút) và 34 chu kỳ biến tính ở 94oC (30 giây), gắn mồi ở 54oC (40 giây), kéo dài ở 72oC (30 giây), bước kéo dài cuối ở 72oC (8 phút), kết thúc ở 4oC. Sản phẩm PCR 208 bp được phát hiện trên gel agarose 2,5% nhuộm redsafe. Kiểu gen được kiểm tra bằng phương pháp giải trình tự gen. Trong toàn bộ mẫu, tỉ lệ kiểu gen GG là lớn nhất (57,5%) và AA là thấp nhất (4%). Tần số của các alen G và A lần lượt là 0,77 và 0,23.

Melanocortin-4 receptor is part of the central melanocortinergic system and plays critical roles in central regulation of food intake, energy homeostasis and body weight, so that this gene is related to obesity and insulin resistance including single nucleotide polymorphism rs12970134. Thus, this study aimed to find out a protocol for genotyping rs12970134 near Melanocortin-4 receptor by AS-PCR method, analyzing the genotype and allele ratios of this single nucleotide polymorphism in 200 3-5 years old children in Hanoi, Vietnam (50% boys). This protocol used the forward primers including 5’-tcttaccaaacaaagcatgtg-3’ to detect allele G, and 5’-tcttaccaaacaaagcatgta-3’ to detect allele A; and the reverse primer 5’-gtcattcccactaccacctg-3’. The optimized PCR protocol was that 94oC for 3 min and 34 cycles of denaturation at 94oC for 30 sec, primer annealing at 54oC for 40 sec, primer extension at 72oC for 30 sec, final extension at 72oC for 8 min, stopped by chilling at 4oC. The 208 bp PCR products were detected on Redsafe-stained 2.5% agarose gel. The results were verified by using the sequencing method. In the entire samples, the GG genotype was the largest (57.5%), and the AA genotype was the lowest (4%). The frequencies of the G and A alleles were 0.77 and 0.23, respectively.

  • [1] G. T. Marth, E. Czabarka, J. Murvai, and S. T. Sherry, (2004), The allele frequency spectrum in genome-wide human variation data reveals signals of differential demographic history in three large world populations,Genetics, vol. 166, no. 1, pp. 351-372, 2004.
  • [2] (2020), SNPedia,[Online]. Available: https://www.snpedia.com/index.php/Rs12970 134. [Accessed Feb. 7, 2020].
  • [3] D. T. T. Le, T. T. T. Nguyen, N. V. Savvina, and T. T. Le, (2020), Genotyping method and frequency of genotypes of single nucleotide polymorphism of the leptin receptor gene (LEPR-rs1137101) in preschool children in Vietnam,Pediatria named after G.N. Speransky, vol. 99, no. 1, pp. 121-126, 2020.
  • [4] J. Kent, (2019), UCSC In-Silico PCR,[Online]. Available: http://genome.ucsc.edu/cgibin/hgPcr?comman d=start. [Accessed Aug. 12, 2019].
  • [5] W. Rychlik, (), Oligo 7.,Cascade, Co: Molecular Biology Insights, 2009
  • [6] P. Wangkumhang et al. (2007), WASP: a Webbased Allele-Specific PCR assay designing tool for detecting SNPs and mutations,BMC Genomics, vol. 8, no. 1, pp. 275-283, 2007
  • [7] (2019), dbSNP short genetic variations,[Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/s np_ref.cgi?do_not_redirect&rs=rs12970134. [Accessed Aug. 11, 2019]
  • [8] M. N. Darawi et al. (2013), Allele-specific polymerase chain reaction for the detection of Alzheimer’s disease-related single nucleotide polymorphisms,BMC medical genetics, vol. 14, no. 1, p. 27, 2013.
  • [9] R. J. Loos et al. (2008), Common variants near MC4R are associated with fat mass, weight and risk of obesity,Nature genetics, vol. 40, no. 6, p. 768, 2008.
  • [10] D. P. Zobel et al. (2009), Variants near MC4R are associated with obesity and influence obesityrelated quantitative traits in a population of middle-aged people: studies of 14,940 Danes,Diabetes, vol. 58, no. 3, pp. 757-764, 2009.
  • [11] B. Xi et al. (2012), Association between common polymorphism near the MC4R gene and obesity risk: a systematic review and metaanalysis,PloS one, vol. 7, no. 9, p. e45731, 2012.
  • [12] M. Bazzi et al. (2014), Association between FTO, MC4R, SLC30A8, and KCNQ1 gene variants and type 2 diabetes in Saudi population,Genet Mol Res, vol. 13, no. 4, pp. 10194- 10203, 2014
  • [13] H. Huang et al. (2012), Implication of genetic variants near TMEM18, BCDIN3D/FAIM2, and MC4R with coronary artery disease and obesity in Chinese: a angiography-based study,Molecular biology reports, vol. 39, no. 2, pp. 1739-1744, 2012.
  • [14] A. A. Batarfi et al. (2019), MC4R variants rs12970134 and rs17782313 are associated with obese polycystic ovary syndrome patients in the Western region of Saudi Arabia,BMC medical genetics, vol. 20, no. 1, pp. 144, 2019
  • [15] O. P. Dwivedi et al (2013), Strong influence of variants near MC4R on adiposity in children and adults: a cross-sectional study in Indian population,Journal of human genetics, vol. 58, no. 1, pp. 27, 2013.
  • [16] L. F. Been et al. (2010), Replication of association between a common variant near melanocortin‐4 receptor gene and obesity‐related traits in Asian Sikhs,Obesity, vol. 18, no. 2, pp. 425-429, 2010
  • [17] D. Albuquerque, C. Nóbrega, R. RodríguezLópez, and L. Manco (2014), Association study of common polymorphisms in MSRA, TFAP2B, MC4R, NRXN3, PPARGC1A, T MEM18, SEC16B, HOXB5 and OLFM4 genes with obesity-related traits among Portuguese children,Journal of human genetics, vol. 59, no. 6, p. 307, 2014.
  • [18] J. C. Chambers et al. (2008), Common genetic variation near MC4R is associated with waist circumference and insulin resistance,Nature genetics, vol. 40, no. 6, p. 716, 2008
  • [19] F. Geller et al. (2004), Melanocortin-4 receptor gene variant I103 is negatively associated with obesity,The American Journal of Human Genetics, vol. 74, no. 3, pp. 572-581, 2004.
  • [20] K. G. Mountjoy and J. M. Wild, (1998), Melanocortin-4 receptor mRNA expression in the developing autonomic and central nervous systems,Developmental brain research, vol. 107, no. 2, pp. 309-314, 1998.
  • [21] N. Balthasar et al. (2005), Divergence of melanocortin pathways in the control of food intake and energy expenditure,Cell, vol. 123, no. 3, pp. 493-505, 2005.