Phí bảo vệ môi trường đối với nước thải là công cụ kinh tế của Nhà nước, vừa hướng đến mục tiêu điều tiết hành vi của chủ thể xả nước thải gây ô nhiễm môi trường để bảo vệ môi trường thông qua tác động vào lợi ích kinh tế, vừa tạo lập nguồn thu cho ngân sách nhà nước cho hoạt động phí bảo vệ môi trường. Để phí bảo vệ môi trường đối với nước thải có thể góp phần khuyến khích các doanh nghiệp đầu tư công nghệ xử lý nước thải đạt tiêu chuẩn môi trường trước khi xả thải thì quy định pháp luật về phí bảo vệ môi trường đối với nước thải phải được thiết kế ở mức thu phù hợp. Vì vậy, cần đánh giá mức thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải hiện hành để đề xuất các giải pháp phù hợp nhằm hoàn hiện chính sách