Khu kinh tế đặc biệt đã được hình thành và phát triển dưới dạng khu kinh tế ở châu Âu từ thế kỷ XIII, tại khu vực Địa Trung Hải. Gần hai thế kỷ sau đó, cảng Leyghorn (1547) ở Italia ra đời và được các nhà nghiên cứu cho là cảng thương mại tự do chính thức đầu tiên trên thế giới. Những thành phố cảng này được xem là tiền thân của khu vực của khu kinh tế đặc biệt hiện đại ngày nay. Mô hình khu kinh tế đặc biệt sau đó đã được nhiều khu vực khác ngoài châu Âu học tập và áp dụng. Trải qua nhiều biến đổi của thời đại và công nghệ, từ các cảng tự do đơn giản ban đầu mô hình khu kinh tế đặc biệt trở nên đa dạng và phức tạp hơn, chúng được các chính phủ sử dụng như một phương thức để thúc đẩy kinh tế quốc gia phát triển.