Cửa sông Cửu Long có giá trị lớn về đa dạng sinh học, tài nguyên sinh vật, đặc biệt là các quần xã sinh vật nổi và sinh vật đáy trong hệ sinh thái. Vùng nghiên cứu thuộc 4 tỉnh Tiền Giang, Trà Vinh, Bến Tre, Sóc Trăng thuộc hạ lưu sông Mê Kông. Kết quả đánh giá giá trị đa dạng sinh học Shannon-Wiener và chỉ số Berger – Parke của 3 quần xã thủy sinh vật chính trong khu vực là thực vật nổi, động vật nổi, động vật đáy cho thấy tính đa dạng sinh học đều ở mức thấp cả về thành phần loài cũng như các giá trị đa dạng sinh học. Đáng lưu tâm hơn là các quần xã động vật đáy đang ở mức bị đe dọa cao nhất về nguy cơ suy giảm và mất đi giá trị đa dạng sinh học mà nguyên nhân chủ yếu là do các hoạt động kinh tế xã hội, các hoạt động xây dựng đập thủy điện trên dòng sông tới các hoạt động trong lĩnh vực công nghiệp, nông nghiệp khiến cho môi trường nơi đây, nhất là môi trường trầm tích bị tác động mạnh. Nghiên cứu đã đưa ra một số giải pháp nhằm giảm thiểu sự suy giảm nhanh chóng đa dạng sinh học của khu vực bằng các biện pháp cụ thể từ nhiều hướng quản lý, giáo dục, tuyên truyền, bảo tồn, ngăn chặn những tác nhân nêu trên ảnh hưởng tới chất lượng hệ sinh thái trong khu vực.