BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  24,654,793
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

68

Các công nghệ tế bào trong nông nghiệp

Nguyễn Quốc Trung, Tống Văn Hải, Trịnh Thị Lam Hồng, La Việt Hồng, Phan Thị Thu Hiền, Trần Văn Tiến, Chu Đức Hà(1)

Phân tích nhóm gen chính đáp ứng với stress hạn và mặn ở cây đậu gà (cicer arietinum) bằng phân tích dữ liệu giải mã hệ phiên mã

Analysis of a core set of drought and salt the drought and salt-responsive genes by exploring microarray datasets in chickpea (cicer arietinum)

Tạp chí Khoa học và Công nghệ Đại học Thái Nguyên

2022

5

163-170

1859-2171

Đậu gà, Hạn, Mặn, Hệ phiên mã, Gen có biểu hiện đáp ứng, Tin sinh học

Chickpea, Drought stress, Salt stress, Transcriptome, Differentially expressed gene, Bioinformatics

Mục tiêu của nghiên cứu này nhằm xác định các nhóm gen chính có mức độ biểu hiện khác biệt (DEG) tại mẫu rễ trong điều kiện stress hạn và mặn ở cây đậu gà (Cicer arietinum). Bằng cách khai thác các bộ dữ liệu microarray liên quan đến stress hạn và mặn ở đậu gà, tổng cộng 41 DEG (|fold-change| ≥ 15), bao gồm 15 DEG tăng cường biểu hiện mạnh (fold-change ≥ 15) và 26 DEG kìm hãm biểu hiện mạnh (fold-change ≤ -15) đã được sàng lọc ở mẫu rễ trong điều kiện stress hạn và mặn ở cây đậu gà. Dựa trên hệ tham chiếu của cây đậu gà, phần lớn các DEG được chú giải chức năng mã hóa cho các protein điều hòa và chức năng liên quan đến cơ chế đáp ứng và chống chịu stress thẩm thấu. Phân tích đặc tính lý hóa cho thấy các protein đa dạng về kích thước, trọng lượng phân tử, điểm đẳng điện, độ bất ổn định và độ ưa nước trung bình. Bên cạnh đó, 41 protein được dự đoán cư trú tại nhiều bào quan chính trong tế bào, chủ yếu là ở nhân, tế bào chất và màng sinh chất.
Tóm lại, kết quả của nghiên cứu đã cung cấp thông tin về nhóm DEG quan trọng liên quan đến stress hạn và mặn ở rễ cây đậu gà định hướng cho các phân tích chức năng gen.

The purpose of this research was to define a core set of differentially expressed genes (DEGs) in roots under the drought and salt stress in chickpea (Cicer arietinum). By exploring all potential microarray datasets related to drought and salt stress in chickpea, a total of 41 DEGs (|fold-change| ≥ 15), including 15 highly up-regulated (fold-change ≥ 15) and 26 highly down- regulated (fold-change ≤ -15) genes was screened in drought- and salt- treated roots. By annotating against the assemblies of chickpea, we found that most of 41 DEG-encoded proteins were annotated as functional and regulatory proteins. Next, our results indicated that 41 DEG-encoded proteins were highly variable in physic-chemical features, like sizes, molecular weights, iso- electric points, instability index and grand average of hydropathy.
Furthermore, the prediction of subcellular localization suggested that 41 proteins were localized on many major organelles, especially in the nucleus, cytoplasm and plasma membrane. Taken together, our study could provide a significant core set of DEGs related to drought and salt stress in roots of chickpea for further functional characterization.

TTKHCNQG, CTv 178

Xem toàn văn