Đánh giá thành phần một số nấm bệnh thuộc giới phụ Stramenopiles trong đất trồng tiêu tại huyện Cư M’gar tỉnh Đăk Lăk từ dữ liệu trình tự 18s rRNA Metagenome

Chỉ số đề mục

Lĩnh vực nghiên cứu

Bảo vệ thực vật

Dạng tài liệu

Tác giả

Phạm Thị Thúy Hoài, Trần Đình Mấn, Phạm Việt Cường⁽¹⁾, Tôn Thất Hữu Đạt, Nguyễn Văn Tụng

Nhan đề

Đánh giá thành phần một số nấm bệnh thuộc giới phụ Stramenopiles trong đất trồng tiêu tại huyện Cư M’gar tỉnh Đăk Lăk từ dữ liệu trình tự 18s rRNA Metagenome

Nhan đề tiếng anh

Identification of Composition of Some Fungal Pathogens of Stramenopiles in Blac Pepper Soils in Cư M’gar District of Dak Lak Province Based on 18S rRNA Metagenome

Nguồn trích

Bảo vệ thực vật

Năm xuất bản

2019

Số

1

Trang

31-37

ISSN

2354-0710

Từ khóa

Tiêu đen, Nấm bệnh, 18S rRNA metagenome

Từ khóa tiếng anh

18S rRNA metagenome, Black pepper soil, Pythium, Phytophthora, Black pepper disease, Stramenopiles

Tóm tắt

Stramenopiles là một trong những dòng sinh vật nhân chuẩn chính với hơn 25.000 loài đã được xác định và bao gồm các chi nấm gây bệnh thực vật như Phytophthora và Pythium. Trong nghiên cứu này, các mẫu đất tiêu bị bệnh và sạch bệnh được sử dụng để đánh giá thành phần của Stramenopiles cũng như hai chi nấm gây bệnh thực vật Phytophthora và Pythium dựa trên dữ liệu trình tự metagenome 18S rRNA HiSeq Illumina. Kết quả nghiên cứu cho thấy có sự khác biệt về thành phần và sự phong phú của vi khuẩn Stramenopiles giữa đất tiêu bệnh và đất sạch bệnh. Từ mẫu đất tiêu bị bệnh, chúng tôi đã xác định được 29 loài Stramenopiles, trong khi chỉ có 25 loài Stramenopiles được xác định từ các mẫu đất không bị bệnh. Các loài Stramenopiles trong nghiên cứu này thuộc hai lớp Diatomea và Peronosporomycetes. Hai mươi loài được phát hiện ở cả mẫu đất bị bệnh và không bị bệnh, 9 loài chỉ được tìm thấy ở mẫu đất bị bệnh và 5 loài chỉ được tìm thấy ở mẫu đất không bị bệnh. Nghiên cứu này cũng cho thấy tỷ lệ chi nấm bệnh trong mẫu đất tiêu bị bệnh cao hơn so với mẫu đất không bị bệnh. Số trình tự của chi Phytophthora và Pythium trong mẫu đất tiêu bị bệnh lần lượt chiếm 0,9% và 25% Stramenopiles, trong khi tỷ lệ của hai chi này trong mẫu đất không bị bệnh chỉ chiếm 0,8% và 5% Stramenopiles, tương ứng.

Tóm tắt tiếng anh

Stramenopiles is one of the major line of eukaryotes with more than 25,000 identified species and including fungal genera that cause plant diseases such as Phytophthora and Pythium. In this study, diseased and disease-free pepper soil samples were used to assess the composition of Stramenopiles as well as the two plant pathogenic fungal genera Phytophthora and Pythium based on 18S rRNA HiSeq Illumina metagenome sequence data. The study results showed that there were differences in the composition and abundance of Stramenopiles between diseased and disease-free pepper soils. From the diseased pepper soil sample, we identified 29 species of Stramenopiles, while only 25 species of Stramenopiles were identified from non-diseased soil samples. The species of Stramenopiles in this study belonged to two classes Diatomea and Peronosporomycetes. Twenty species were detected in both diseased and non-diseased pepper soil samples, 9 species were found only in diseased soil samples and 5 species were only found in non-diseased soil samples. This study also showed that the proportion of pathogenic fungal genera in diseased pepper soil sample was higher than that of non-diseased pepper soil sample. Number of sequences of the genus Phytophthora and Pythium in diseased pepper soil sample accounted for 0.9% and 25% of Stramenopiles, respectively whereas the proportion of these two genera in non-diseased pepper soil sample only accounted for 0.8% and 5% of Stramenopiles, respectively.

Kí hiệu kho

TTKHCNQG, CVv 215

File toàn văn

Xem toàn văn