BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  22,727,370
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Dược liệu học; Cây thuốc; Con thuốc; Thuốc Nam, thuốc dân tộc

Nguyễn Thị Phương Trang(1), Nguyễn Hùng Mạnh, Bùi Thu Hà

Nghiên cứu xác định các vùng EST-SSR đặc trưng của loài sâm Ngọc Linh (Panax vietnamensis Ha & Grushv) bằng phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới

Identifying special EST-SSR regions of Panax vietnamensis Ha & Grushv based on Nextgeneration sequencing

Khoa học & công nghệ Việt Nam

2022

3B

16-20

1859-4794

ETS-SSR, Giải trình tự, ITS, Sâm Ngọc Linh, Panax vietnamensis Ha & Grushv

ETS-SSR, ITS, Ngoc Linh ginseng, Panax vietnamensis Ha & Grushv, Sequencing

Sâm Ngọc Linh (Panax vietnamensis Ha & Grushv) là loài đặc hữu, có phân bố hẹp. Do có nhiều công dụng nên giá thành sâm Ngọc Linh cao và hiện đã xuất hiện nhiều mẫu làm giả loài sâm này (mẫu giả được sử dụng là loài hoặc phân loài khác cùng trong chi sâm có phân bố ở Việt Nam). Vì vậy, việc nhận biết chính xác loài sâm Ngọc Linh là rất quan trọng. Trong nghiên cứu này, các tác giả thực hiện giải mã trình tự hệ gen phiên mã (cDNA) của sâm Ngọc Linh bằng công nghệ giải trình tự thế hệ mới (Next-generation sequencing) trên hệ thống Illumina HiSeqTM 4000 nhằm xác định các vùng SSR (Simple sequence repeat) đặc trưng của loài sâm này. Kết quả đã giải mã được 23.741.783 đoạn đọc với tổng khối lượng là 7,08 Gb và tổng hợp thành 262.999 gen chức năng (133 Mb). Trong đó, đã xác định được 101 vùng SSR lặp đặc trưng của sâm Ngọc Linh.

Panax vietnamensis var. vietnamensis Ha & Grushv is an endemic species with a narrow distribution. Because of having many benefits and high prices, there is an increase in faked Ngoc Linh ginseng. Most of the faked Ngoc Linh ginseng samples are other Panax species or subspecies distributed in Vietnam. Thus, it is very important to authenticate the Ngoc Linh ginseng samples. In this study, the author sequenced the transcriptomes genome of Panax vietnamensis var. vietnamensis based on the Next-generation sequencing method using Illumina HiSeqTM 4000 system to detect the special SSR regions of this ginseng. A total of 23,741,783 raw reads were obtained and assembled with a total volume of 7.08 Gb. F-rom these raw reads, 262,999 unigenes with an average length of 133 Mb were generated and 101 typical SSR regions of Ngoc Linh ginseng were successfully identified

TTKHCNQG, CVv 8

Xem toàn văn
  • [1] J. Jurka; C. Pethiyagoda (1995), Simple repetitive DNA sequences f-rom primates: compilation and analysis.,J. Mol. Evol, 40, pp.120-126.
  • [2] M.G. Grabherr (2011), Full-length transcriptome assembly f-rom RNA-seq data without a reference genome.,Nature Biotechnollogy, 29, pp.644-652.
  • [3] J.J. Doyle; J.L. Doyle (1991), A rapid DNA isolation procedure f-rom small quantities of fresh leaf tissues.,Phytochem. Bull., 19, pp.11-15.
  • [4] Hoàng Thị Sản (2009), Thực hành phân loại thực vật.,
  • [5] Nguyễn Đức Thành (2014), Các kỹ thuật chỉ thị DNA trong nghiên cứu và chọn lọc thực vật.,Tạp chí Sinh học, 36(3), tr.265-294.
  • [6] (2007), Sách đỏ Việt Nam.,phần II.
  • [7] Nguyễn Thị Hồng Mai; Lê Thanh Sơn; Nguyễn Thị Phương Trang (2020), Đặc điểm di truyền quần thể sâm Ngọc Linh (Panax vietnamensis Ha and Grushv) bằng phương pháp SSR.,Tạp chí Sinh học, 42(1), tr.11-19.
  • [8] Le Thanh Son; Nguyen Tap (2006), Ecological c-haracteristics of Panax vietnamensis Ha et Grushv.,Journal of Medicinal Material, 14(4), pp.145-147.