Xây dựng quy trình real-time PCR high resolution melting xác định biến thể DPYD*2A trên gen DYPD liên quan chuyển hóa thuốc

Chỉ số đề mục

76

Lĩnh vực nghiên cứu

Kỹ thuật và thiết bị y học

Dạng tài liệu

BB

Tác giả

Nguyễn Ước Nguyện, Nguyễn Minh Hà, Ngô Quốc Đạt⁽²⁾, Nguyễn Hưng Thịnh, Nguyễn Hữu Ngọc Tuấn⁽¹⁾

Nhan đề

Xây dựng quy trình real-time PCR high resolution melting xác định biến thể DPYD*2A trên gen DYPD liên quan chuyển hóa thuốc

Nhan đề tiếng anh

Fluoropyrimidines establishing the real-time PCR high resolution melting procedure for determining gene DPYD variant DPYD*2A associated with fluoropyrimidines metabolism

Nguồn trích

Tạp chí Y học Việt Nam (Tổng hội Y học Việt Nam)

Năm xuất bản

2024

Số

1

Trang

295-301

ISSN

1859-1868

Từ khóa

DPYD, DPYD*2A, Real-time PCR, Tạo dòng gen, Đột biến có định hướng

Từ khóa tiếng anh

DPYD, DPYD*2A, Real-time PCR, High resolution melting, Gene cloning, Site directed mutagenesis, PCR overlap extension

Tóm tắt

Xây dựng quy trình real-time PCR HRM xác định biến thể DPYD*2A trên gen DPYD liên quan chuyển hoá fluoropyrimidines. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Xây dựng các DNA plasmid chứng giả lập các kiểu gen biến thể DPYD*2A bằng phương pháp tạo đột biến có định hướng và tạo dòng từ chính mẫu máu người tình nguyện tham gia nghiên cứu. Ứng dụng phần mềm tin-sinh học thiết kế cặp đoạn mồi và tiến hành đánh giá độ đặc hiệu đoạn mồi đã thiết kế khi tham gia phản ứng khuếch đại vùng gen DPYD quan tâm. Tiến hành đánh giá độ chính xác và khả năng phân biệt tốt các kiểu gen biến thể DPYD*2A. Kết quả: Đã tạo thành công DNA plasmid alen G (wild-type) và alen A (biến thể) để đóng vai trò là các mẫu chứng kiểu gen biến thể DPYD*2A. Đã xây dựng thành công quy trình real-time PCR HRM xác định biến thể DPYD*2A trên gen DPYD, cụ thể: (i) Quy trình xây dựng có khả năng phân biệt thành công 3 loại kiểu gen khi phân tích bằng biểu đồ derivative melt curves, aligned melt curves và difference plot; (ii) Quy trình xây dựng có kết quả Tm đạt độ chụm cao khi phân tích với DNA plasmid chứng với %CV từ 0,05 đến 0,06%. Kết luận: Quy trình xây dựng được có thể đưa vào ứng dụng xác định biến thể DPYD*2A trong nghiên cứu. Bước đầu ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử để khảo sát đặc điểm di truyền DPYD*2A ở quần thể người Việt Nam.

Tóm tắt tiếng anh

Establishing a molecular procedure using real-time PCR HRM to identify the DPYD*2A variant. Method: Constructing the control recombinant plasmids to simulate the DPYD*2A variant genotypes by performing site-directed mutagenesis using overlap extension PCR and gene cloning method. Utilizing bio-informatics softwares to design a pair of primers amplifying the target DPYD gene sequence and verifying its specificity in practical laboratory condition. Evaluating the accuracy and the ability of the established real-time PCR HRM procedure in discriminating each of the DPYD*2A genotypes. Result: Successfully constructed recombinant plasmids containing G allele (wild-type) and A allele (DPYD*2A) to serve as genotype control samples. Successfully established a real-time PCR HRM procedure identifying the DPYD*2A variant with: (i) High discriminability of DPYD genotypes when using derivative melt curves, aligned melt curves and difference plot to analyze the PCR product melting temperature; (ii) High accuracy of Tm value with %CV from 0.05 to 0.06%. Conclusion: The established procedure could be applied to identify DPYD*2A variant in research. Initially applying this procedure to investigate the genetic characteristics and the frequency of DPYD*2A in the Vietnamese population.

Kí hiệu kho

TTKHCNQG, CVv 46

File toàn văn

Xem toàn văn