Với diện tích tự nhiên 241.000ha, Sa Thầy là huyện rộng nhất tỉnh Kon Tum. Vùng núi Sa Thầy gồm nhiều khu vực cảnh quan phát triển bởi loại đất mùn vàng đỏ trên đá macma axit, thảm thực vật được bảo tồn khá phong phú và giữ được bản chất nguyên sơ của rừng tự nhiên. Nhưng đáng tiếc cảnh quan đã bị ảnh hưởng lớn do bàn tay con người: nạn phá rừng, khai thác rừng bừa bãi, hiện trạng du canh, du cư, chất độc hoá học... đã tàn phá trực tiếp đến cảnh quan rừng. Hiện tượng mất rừng đã dẫn đến xói mòn đất, và do bị xói mòn đất nên nguồn nước bị ô nhiễm bởi các chất độc, chất diệt cỏ bị chảy loang ra xa, gây ô nhiễm rất lớn. Thậm chí có cả nhiều thùng đựng chất diệt cỏ còn đang chôn vùi ở khu vực này, hậu quả của sự ô nhiễm có thể chưa lường hết