BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  24,654,793
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Chu Đức Hà, Phùng Thị Vượng, Chu Thị Hồng, Phạm Thị Lý Thu(1), Phạm Phương Thu(2), Trần Thị Phương Liên, La Việt Hồng

ANNOTATION AND STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SUCROSE TRANSPORTER GENE FAMILY IN CHICKPEA (Cicer arietinum)

ĐỊNH DANH VÀ PHÂN TÍCH CẤU TRÚC CỦA HỌ GEN MÃ HÓA PROTEIN VẬN CHUYỂN ĐƯỜNG SUCROSE Ở CÂY ĐẬU GÀ (Cicer arietinum)

Tạp chí Khoa học và Công nghệ - Đại học Thái Nguyên

2019

1

Trong nghiên cứu này, 21 protein vận chuyển sucrose (sugars will eventually be exported transporter, SWEET) đã được xác định ở giống đậu gà kabuli 'CDC Frontier'. Phần lớn gen SWEET nằm rải rác trên hệ gen của đậu gà, ngoại trừ gen CaSWEET21. Đáng chú ý, một số gen CaSWEET nằm ở vùng cận đầu mút của các nhiễm sắc thể. So sánh cho thấy không có sự tương quan giữa số lượng gen SWEET với kích thước hệ gen, số lượng nhiễm sắc thể ở các loài thực vật. Bằng công cụ PIECE, kết quả đã cho thấy họ gen mã hóa SWEET ở đậu gà có cấu trúc phân mảnh. Trong đó, hầu hết các gen CaSWEET đều có sáu exon. Kết quả của nghiên cứu này đã cung cấp những thông tin cơ bản về họ SWEET ở đậu gà, đặc tính cơ bản của SWEET và mức độ đáp ứng của các gen SWEET với điều kiện bất lợi sẽ được tìm hiểu trong nghiên cứu tiếp theo.

In this study, a total of 21 members of the sucrose transporter family (sugars will eventually be exported transporter, SWEET) has been identified in the chickpea kabuli 'CDC Frontier' cultivar. The majority of genes encoding SWEET, excluding CaSWEET21 is located on the chromosomes with an uneven ratio. Interestingly, several CaSWEET genes were found in the subtelomeric regions in the chromosomes. Our comparisons showed that no direct correlation between the number of SWEET genes, genome size and the number of chromosomes in plant species. By using the PIECE tool, we found that the fragmented structure in the CaSWEET gene family. Among them, most of the CaSWEET genes had six exons. Our study would provide an initial understanding of the SWEET family in chickpea. The general c-haracteristics of SWEETs and the expression profiles of SWEET genes in various stress conditions will be carried out in further studies.

Xem toàn văn
  • [1] Yuan M., Zhao J., Huang R., Li X., Xiao J., Wang S. (2014), "Rice MtN3/saliva/SWEET gene family: Evolution, expression profiling, and sugar transport",,J. Integr. Plant Biol., 56(6), pp. 559-570.
  • [2] Wang Y., You F. M., Lazo G. R., Luo M.-C., Thilmony R., Gordon S., Kianian S. F., Gu Y. Q. (2013), "PIECE: A database for plant gene structure comparison and evolution",,Nucleic Acids Res., 41(Database issue), pp. D1159-D1166.
  • [3] Patil G., Valliyodan B., Deshmukh R., Prince S., Nicander B., Zhao M., Sonah H., Song L., Lin L., Chaudhary J., Liu Y., Joshi T., Xu D., Nguyen H. T. (2015), "Soybean (Glycine max) SWEET gene family: Insights through comparative genomics, transcriptome profiling and whole genome re-sequence analysis",,BMC Genomics, 16, pp. 520.
  • [4] Mizuno H., Kasuga S., Kawahigashi H. (2016), "The sorghum SWEET gene family: Stem sucrose accumulation as revealed through transcriptome profiling",,Biotechnol Biofuels, 9, pp. 127.
  • [5] Kumar S., Stecher G., Tamura K. (2016), "MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets",,Mol. Biol. Evol., 33(7), pp. 1870-1874.
  • [6] Julius B. T., Leach K. A., Tran T. M., Mertz R. A., Braun D. M. (2017), "Sugar transporters in plants: New insights and discoveries",,Plant Cell Physiol, 58(9), pp. 1442-1460.
  • [7] Jian H., Lu K., Yang B., Wang T., Zhang L., Zhang A., Wang J., Liu L., Qu C., Li J. (2016), "Genome-wide analysis and expression profiling of the SUC and SWEET gene families of sucrose transporters in oilseed rape (Brassica napus L.),,Front Plant Sci., 7, pp. 1464.
  • [8] Jain M., Misra G., Patel R. K., Priya P., Jhanwar S., Khan A. W., Shah N., Singh V. K., Garg R., Jeena G., Yadav M., Kant C., Sharma P., Yadav G., Bhatia S., Tyagi A. K., Chattopadhyay D. (2013), "A draft genome sequence of the pulse crop chickpea (Cicer arietinum L.)",,Plant J., 74(5), pp. 715-729
  • [9] Goodstein D. M., Shu S., Howson R., Neupane R., Hayes R. D., Fazo J., Mitros T., Dirks W., Hellsten U., Putnam N., Rokhsar D. S. (2012), "Phytozome: A comparative platform for green plant genomics",,Nucleic Acids Res., 40(Database issue), pp. D1178-D1186.
  • [10] El-Gebali S., Mistry J., Bateman A., Eddy S. R., Luciani A., Potter S. C., Qureshi M., Ric-hardson L. J., Salazar G. A., Smart A., Sonnhammer E. L. L., Hirsh L., Paladin L., Piovesan D., Tosatto S. C. E., Finn R. D. (2018), "The Pfam protein families database in 2019",,Nucleic Acids Res., 47(D1), pp. D427-D432.
  • [11] Chen L. Q. (2014), "SWEET sugar transporters for phloem transport and pathogen nutrition",,New Phytol., 201(4), pp. 1150-1155.
  • [12] Calderón M. C., Rey M. D., Cabrera A., Prieto P. (2014), "The subtelomeric region is important for chromosome recognition and pairing during meiosis",,Sci. Rep., 4(6488), pp. 1-6.
  • [13] Aslam M., Mahmood I. A., Peoples M. B., Schwenke G. D., Herridge D. F. (2003), "Contribution of chickpea nitrogen fixation to increased wheat production and soil organic fertility in rain-fed cropping",,Biol. Fertil. Soils, 38(1), pp. 59-64.
  • [14] Ac-harjee S., Sarmah B. K. (2013), "Biotechnologically generating ‘super chickpea’ for food and nutritional security",,Plant Sci., 207, pp. 108-116.
  • [15] Chu Đức Hà, Phạm Thị Quỳnh, Phạm Thị Lý Thu, Nguyễn Văn Cương, Lê Tiến Dũng (2018), "Xác định họ gen mã hóa protein vận chuyển SWEET trên cây sắn (Manihot esculenta Crantz)",,Tạp chí Khoa học – Trường Đại học Sư phạm Hà Nội, 63(3), tr. 140 -149.