HỆ THỐNG THÔNG TIN QUỐC GIA VỀ KHOA HỌC, CÔNG NGHỆ VÀ ĐỔI MỚI SÁNG TẠO
Lọc theo danh mục
liên kết website
Lượt truy cập
Lượt truy cập :
29,841,656
- Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam
76
Kỹ thuật và thiết bị y học
BB
Lê Thị Thôi, Ngô Quốc Đạt(2), Nguyễn Minh Hà, Nguyễn Hữu Ngọc Tuấn(1)
Xây dựng quy trình kỹ thuật real-time PCR xác định biến thể rs1801275 trên gen IL4-Rα liên quan bệnh viêm da cơ địa establishing
A real-time PCR sybr procedure for detecting rs1801275 variant in the IL4-Rα gene associated with the atopic dermatitis
Tạp chí Y học Việt Nam (Tổng hội Y học Việt Nam)
2024
1B
247-252
1859-1868
Xây dựng quy trình real-time PCR SYBR chẩn đoán biến thể rs1801275 trên gen IL4-Rα. Phương pháp nghiên cứu: Thiết kế các đoạn mồi đặc hiệu alen phát hiện biến thể rs1801275 trên gen IL4-Rα bằng công cụ primer-BLAST (NCBI, Hoa Kỳ). Đánh giá độ đặc hiệu, tối ưu hóa nồng độ và nhiệt độ bắt cặp của đoạn mồi đã thiết kế. Thẩm định khả năng xác định kiểu gen của biến thể IL4-Rα rs1801275 thông qua phản ứng real-time PCR với bộ DNA plasmid chứng giả lập các kiểu gen biến thể quan tâm bằng bộ sinh phẩm SensiFAST SYBR (Bioline). Áp dụng quy trình lên 113 mẫu đã được khẳng định kết quả kiểu gen biến thể bằng giải trình tự Sanger để đánh giá độ nhạy, độ đặc hiệu và độ xác thực của kỹ thuật. Kết quả: Xây dựng thành công quy trình kỹ thuật real-time PCR SYBR chẩn đoán biến thể IL4-Rα rs1801275. Các đoạn mồi đặc hiệu alen đạt độ đặc hiệu khi kiểm tra bằng điện di mao quản. Nồng độ tối ưu của các đoạn mồi là 250 nM, với CV% giá trị Ct giữa các lần lặp phản ứng đều nhỏ hơn 10% và giá trị Ct trung bình trong khoảng 28 ± 2. Xác định được giá trị |ΔCt| bằng 3 là điểm phân biệt các kiểu gen của biến thể (CV% nhỏ hơn 10%). Độ nhạy, độ đặc hiệu, độ xác thực của kỹ thuật lần lượt là 100%, 98,9% và 99,1%. Kết luận: Đã xây dựng thành công quy trình kỹ thuật real-time PCR SYBR để xác định biến thể rs1801275 trên gen IL4-Rα.
Establishing a real-time PCR SYBR procedure to detect rs1801275 variant in the IL4-Rα gene. Methods: pairs of allele-specific oligonucleotide (ASO) primers were designed to detect rs1801275 variant in the IL4-Rα gene. The designed primers were verified their specificity in practical laboratory condition and then were determined their optimal concentration and anealing temperature by conducting real-time PCR reactions with each genotype of the rs1801275. The genotype discriminability of the established procedure was validated through real-time PCR reactions with the rs1801275 recombinant DNA plasmids. Performing the real-time PCR SYBR procedure on 113 samples which the genotype results were confirmed by Sanger sequencing and then evaluating the sensitivity, specificity and accuracy of the real-time PCR procedure by comparing the results from both methods. Results: Successfully developed the SYBR real-time PCR procedure to detect rs1801275 variant in the gene IL4-Rα. ASO primers were specifically designed by Primer-BLAST (NCBI). The optimal concentration of the ASO primers were 250 nM, with the CV% of the Ct values were less than 10% and the average Ct value was 28 ± 2. The |ΔCt| = 3 were the point distinguishes each genotype of rs1801275 (CV% were less than 10%). The sensitivity, specificity, and accuracy of the technique were 100%, 98.9%, and 99.1%, respectively. Conclusion: The real-time PCR SYBR procedure to detect rs1801275 variant in the gene IL4-Rα has been established successfully.
TTKHCNQG, CVv 46
Xem toàn văn