Sử dụng chỉ thị SSR trong đánh giá đa dạng di truyền và vân tay DNA của 19 giống lúa chuẩn

Chỉ số đề mục

Lĩnh vực nghiên cứu

Công nghệ gen; nhân dòng vật nuôi;

Dạng tài liệu

Tác giả

Trần Long, Lưu Minh Cúc⁽¹⁾, Nguyễn Quang Sáng, Phạm Xuân Hội

Nhan đề

Sử dụng chỉ thị SSR trong đánh giá đa dạng di truyền và vân tay DNA của 19 giống lúa chuẩn

Nhan đề tiếng anh

Evaluation of genetic diversity and DNA fingerprinting of 19 standard reference rice varieties using SSR markers

Nguồn trích

Công nghệ Sinh học

Năm xuất bản

2018

Số

16

Trang

603-609

ISSN

1811-4989

Từ khóa

Đa dạng di truyền, DNA, Vân tay, Chỉ thị SSR

Từ khóa tiếng anh

DNA, Fingerprint, Genetic similarity coefficient, Marker

Tóm tắt

Chỉ thị phân tử là công cụ tiên tiến để xác định giống mới ở mức độ DNA. Theo Hiệp hội Quốc tế về Bảo hộ giống cây trồng mới, các giống cần được kiểm tra tính khác biệt, tính đồng nhất và tính ổn định (DUS), trước khi được công nhận là giống mới. Các tiêu chí DUS truyền thống dựa trên 62-65 đặc điểm hình thái và sinh hóa, được đánh giá thông qua so sánh các giống mới với 19 giống chuẩn đối với các đặc tính quan tâm. Nghiên cứu đa dạng di truyền của 19 giống lúa chuẩn để cung cấp thông tin kiểu gen của những giống lúa đó, nhằm phục vụ việc đánh giá các giống mới dựa trên phân tích kiểu gen. Bộ chỉ thị chuẩn (gồm 30 chỉ thị) được dùng để đánh giá đa dạng di truyền và vân tay DNA của 19 giống lúa chuẩn. Kết quả cho thấy, độ tương đồng di truyền của 19 giống từ 0,04 to 0,548. Ở mức hệ số tương đồng di truyền là 0,1, các giống lúa được chia thành hai nhóm chính. Nhóm một gồm 3 giống DH1, DH5 và DH13. Nhóm hai bao gồm 16 giống còn lại. Trong nhóm hai được chia thành hai nhánh chính với hệ số tương đồng di truyền là 0,3. Nhánh một gồm 5 giống là DH2, DH6, DH10, DH11 và DH7. Nhánh hai bao gồm 11 giống còn lại. Hai giống gần nhau nhất là DH6 và DH10, với hệ số tương đồng di truyền đạt 0,548. Kết quả của nghiên cứu đã chỉ ra rằng, các giống lúa chuẩn có độ đồng nhất cao, độ đa dạng di truyền cao, có thể dùng để đánh giá các giống lúa mới dựa trên kiểu gen bằng các vân tay DNA kết hợp với kiểu hình.

Tóm tắt tiếng anh

Molecular markers are advanced-tools for identifying new varieties at DNA levels. According to the International Union for the Protection of New Varieties of Plants, new breeded varieties need to be tested for the Distinctness, Uniformity and Stability (DUS), before being recognized as the new ones. Traditional DUS criteria based on 62 - 65 morphological and biochemical characteristics, which evaluated on comparison of new varieties with 19 standard reference varieties for traits of interest. Study on the genotypic polymorphism of 19 standard reference rice varieties provides genotypic information of these varieties for the evaluation of new rice varieties based on genotyping analysis. The reference marker set (30 markers) was used to evaluate the genetic diversity and DNA fingerprinting of 19 standard reference rice varieties. The results showed the similarity coefficient of 19 varieties varied from 0.04 to 0.548. At the genetic similarity coefficient of 0.1, the 19 rice varieties divided into two main groups. Group one included 3 varieties DH1, DH5, DH13. Group 2 included the remaining 16 varieties. Inside group two, phylogenetic tree divided into two main branches at the genetic similarity coefficient of 0.3. Branch 1 includes 5 varieties including DH2, DH6, DH10, DH11 and DH7. The 11 remaining varieties were in the branch 2. The most closely varieties were DH6 and DH10 with the genetic similarity coefficient of 0.548. This study shows that, the standard reference varieties have high uniformity and high genotypic polymorphism, could used for testing new varieties based on genotyping by DNA fingerprinting combining with phenotype.

Kí hiệu kho

TTKHCNQG, CVv 262

File toàn văn

Xem toàn văn