Xây dựng quy trình chẩn đoán biến thể đa hình đơn nucleotide rs1800629 trên vùng khởi động của gen TNF- bằng kỹ thuật giải trình tự Sanger và PCR-RFLP

Chỉ số đề mục

76

Lĩnh vực nghiên cứu

Kỹ thuật và thiết bị y học

Dạng tài liệu

BB

Tác giả

Nguyễn Hữu Ngọc Tuấn⁽¹⁾, Nguyễn Hưng Thịnh, Hồ Thị Hồng Thắm

Nhan đề

Xây dựng quy trình chẩn đoán biến thể đa hình đơn nucleotide rs1800629 trên vùng khởi động của gen TNF- bằng kỹ thuật giải trình tự Sanger và PCR-RFLP

Nhan đề tiếng anh

Establishing the procedure for determining rs1800629 variant at TNF- gene promoter region by PCR-RFLP

Nguồn trích

Tạp chí Y học Việt Nam (Tổng hội Y học Việt Nam)

Năm xuất bản

2024

Số

1B

Trang

176-181

ISSN

1859-1868

Từ khóa

TNF-α, Rs1800629, TNF-α-308G/A, Kỹ thuật PCR-RFLP, Kỹ thuật giải trình tự Sanger

Từ khóa tiếng anh

TNF-α, Rs1800629, TNF-α-308G/A, PCR-RFLP, Sanger sequencing procedure

Tóm tắt

Xây dựng bộ công cụ xác định biến thể rs1800629 trên vùng khởi động của gen TNF-α bằng kỹ thuật giải trình tự Sanger và PCR-RFLP. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Xây dựng quy trình giải trình tự Sanger bằng cặp đoạn mồi tự thiết kế để khảo sát đoạn DNA dài 400-500 bp có chứa rs1800629. Tạo các dòng DNA plasmid mang lần lượt biến thể G và biến thể A của rs1800629 bằng phương pháp TA cloning. Tối ưu hoá điều kiện phản ứng PCR-RFLP sử dụng men cắt NcoI và áp dụng khảo sát rs1800629 trên 5 mẫu DNA của người tình nguyện đã biết trước kiểu gen. Kết quả: đã xây dựng thành công quy trình giải trình tự Sanger khảo sát biến thể rs1800629 bằng cặp đoạn mồi tự thiết kế; tạo 2 DNA plasmid mang alen G (wild-type) và alen A (biến thể) của rs1800629 để làm mẫu chứng; tối ưu hóa quy trình PCR-RFLP xác định rs1800629 bao gồm cắt sản phẩm PCR với enzyme NcoI và điều kiện điện di phù hợp. Toàn bộ 5 mẫu DNA của người tình nguyện có các kiểu di truyền GG (3 người), GA (1 người) và AA (1 người) được chẩn đoán đúng bằng phương pháp PCR-RFLP. Kết luận: Bộ công cụ bao gồm quy trình Sanger, quy trình PCR-RFLP và các chứng ở dạng plasmid đã được hoàn thiện để xác định biến thể TNF-α-308G/A (rs1800629) trên vùng khởi động gen TNF-α.

Tóm tắt tiếng anh

Establishing a molecular procedure to identify the TNF-α-308G/A (rs1800629) variant by Sanger sequencing and PCR-RFLP method. Method: Constructing Sanger sequencing procedure with self-designed primer pairs to determine a 400-500 bp DNA amplicon containing rs1800629. Cloning the control recombinant DNA plasmids containing respectively G allele and A allele of rs1800629 by using TA cloning method. Optimizing the conditions of PCR-RFLP protocol with NcoI restriction enzyme and applying rs1800629 detection procedure on 5 known genotype DNA samples of volunteers. Result: (1) Successfully constructed a Sanger sequencing process to detect rs1800629 variant using self-designed primer pairs; (2) created 2 DNA plasmids containing the G allele (wild-type) and A allele (variant) of the rs1800629 as genotype control samples, and (3) optimized the PCR-RFLP procedure to determine the rs1800629 variant including cleavage of PCR product with NcoI enzyme, and electrophoresis. All 5 DNA samples of volunteers with genotypes GG (3 samples), GA (1 sample) and AA (1 sample) were correctly diagnosed by PCR-RFLP method. Conclusion: The kit including Sanger sequencing, PCR-RFLP method and DNA plasmid controls was completed to determine TNF-α-308G/A (rs1800629) variant at promoter region of TNF-α gene.

Kí hiệu kho

TTKHCNQG, CVv 46

File toàn văn

Xem toàn văn