Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  23,904,248
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Công nghệ gen; nhân dòng vật nuôi;

Nguyễn Minh Thành(1), Trần Thị Hải Yến(2), Võ Thị Minh Thư(3), Lê Thị Hồng Thắm, Nguyễn Văn Sáng, Nguyễn Thành Luân, Nguyễn Việt Tuấn

Phân tích hệ gen phiên mã của tôm sú cái (Penaeus monodon) ở Việt Nam liên quan đến tính trạng sinh sản bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới

Transcriptome analyses of female black tiger shrimps (Penaeus monodon) for reproductive trait using RNA-sequencing approach

Khoa học & công nghệ Việt Nam

2021

12B

47 - 51

1859-4794

Tôm sú (Penaeus monodon) là loài tôm được nuôi phổ biến ở nước ta và trên thế giới. Hiện nay, sản xuất giống tôm sú vẫn phụ thuộc vào nguồn tôm bố mẹ tự nhiên bởi vì chất lượng sinh sản của tôm tự nhiên cao hơn tôm sú gia hóa. Trước thực tế đó, nhóm tác giả đã tiến hành nghiên cứu hệ gen phiên mã của tôm sú cái tự nhiên và gia hóa ở giai đoạn buồng trứng tiền thành thục bằng kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới. Giải trình tự bằng thiết bị Illumina đạt số lượng đoạn trình tự (read) sau tinh sạch là 20.977.708 cho tôm tự nhiên và 31.185.197 cho tôm gia hóa. Kết quả lắp ráp theo phương pháp không có hệ gen tham chiếu đạt 35.870 contig, trong đó độ dài trung bình và N50 của contig lần lượt là 1.018 và 1.488 bp. Chú giải gen chức năng dựa vào 7 cơ sở dữ liệu đạt tỷ lệ tương đồng từ 19,74 đến 47,77%. Hệ gen phiên mã của nghiên cứu này có tỷ lệ tương đồng cao nhất với loài Hyalella azteca, Cryptotermes secundus, Zootermopsis nevadensis và các loài tôm thuộc họ Penaeus. Nghiên cứu cũng xác định được tổng cộng 5.788 gen có biểu hiện khác biệt ở tôm tự nhiên khi so sánh với tôm gia hóa. Các gen có biểu hiện khác biệt được tiếp tục phân loại dựa theo khóa thuật ngữ của Gene Ontology (GO). Kết quả phân loại chức năng theo GO ở tôm sú tự nhiên cho thấy, các gen hemolymph clottable, peritrophin, ecdysteroid có biểu hiện tăng và các gen serine protease, alpha-L-fucosidase-like, actin, catenin alpha có biểu hiện giảm. Nghiên cứu này là cơ sở quan trọng bổ sung thông tin hệ phiên mã của tôm sú liên quan đến tính trạng sinh sản và có thể ứng dụng để cải thiện chất lượng sinh sản của tôm sú gia hóa.
 

The black tiger shrimp (Penaeus monodon) is the widely cultured aquaculture species in Vietnam and worldwide. Production of P. monodon postlarvae still relies on the wild broodstock due to their higher fecundity and larval quality in comparison with the domesticated broodstock. Therefore, the current study applied an RNA-sequencing approach by the Illumina platform to generate the transcriptomic resources for the wild and domesticated females at the previtellogenic stage of ovaries (stage 0). Total clean reads were 20,977,708 for the wild female and 31,185,197 for the domesticated female. De novo assembly was employed to generate 35,870 contigs with an average length of 1,018 bp and N50 length of 1,488 bp. The ratios of contigs possessing significant similarity through annotation across seven databases ranged from 19.74 to 47.77%. Top hit species from BLASTx searches included Hyalella azteca, Cryptotermes secundus, Zootermopsis nevadensis, followed by Penaeus sp.. We identified a total of 5,788 differentially expressed transcripts between the ovaries of wild and domesticated shrimps. The differentially expressed transcripts were further enriched according to the classification terms of Gene Ontology (GO). Results of GO enrichment analysis in the wild female indicated that many genes such as hemolymph clottable, peritrophin, ecdysteroid were up-regulated while the following genes, including serine protease, alpha-L-fucosidase-like, actin, catenin alpha were down-regulated. The current study provides more transcriptomic resources for the reproductive trait in P. monodon. These resources are potentially applied for the improvement of reproduction in the domesticated shrimp.
 

TTKHCNQG, CVv 8