BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  23,892,739
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Sinh tin học

Chu Đức Hà, Trần Thị Thu Thủy, Phạm Phương Thu, Phạm Thị Lý Thu(1), Phạm Thị Xuân, La Việt Hồng

Phân tích tính đặc thù trong cấu trúc của tiểu phần Nuclear factor-YA ở cây họ đậu

Analysis of the conserved structure of Nuclear factor-YA subunits in legumes

Khoa học và Công nghệ - Đại học Thái Nguyên

2019

9

3-8

1859-2171

Nuclear factor-YA, Cấu trúc, Cây họ đậu, Cây phân loại

Bioinformatics, Nuclear factor-YA, Structure, Legumes, Phylogenetic tree

Trong nghiên cứu này, tiểu phần NF-YA đã được phân tích ở 6 loài cây họ Đậu, bao gồm đậu tương (Glycine max), đậu gà (Cicer arietinum), đậu cô ve (Phaseolus vulgaris), cỏ linh lăng (Medicago truncatula), lạc (Arachis hypogaea) và đậu xanh (Vigna radiata). Kết quả đã xác định được 7 và 8 gen mã hóa NF-YA ở lạc và đậu xanh. Với những dữ liệu trước đây, có thể thấy rằng họ NF-YA ở các cây họ Đậu là họ đa gen với số lượng gen thành viên đa dạng. Các gen NF-YA ở cây họ Đậu có chứa từ 4 - 7 exon, đa số các gen đều được cấu trúc bởi 5 exon và 4 intron. Tiếp theo, các NF-YA ở cây họ Đậu có kích thước khá đa dạng, chủ yếu > 300 axít amin và có tính bazơ. Kết quả phân tích tương quan trên cây phân loại cho thấy, vai trò của các gen NF-YA thuộc nhánh i của phân nhóm 1a.1 và phân nhóm 1b có thể liên quan đến sự phát triển nốt sần, trong khi các gen còn lại ở nhánh ii của phân nhóm 1a.1, phân nhóm 1a.2 và phân nhóm 2a có thể tham gia vào quá trình quang hợp ở các cơ quan trên mặt đất như thân, hạt, lá và hoa. Nghiên cứu này nhằm cung cấp những dẫn liệu quan trọng định hướng cho các phân tích chức năng gen tiếp theo.

In this study, NF-YA subunits have been analyzed in 6 legumes species, including soybean (Glycine max), chickpea (Cicer arietinum), common bean (Phaseolus vulgaris), barrel clover (Medicago truncatula). peanut (Arachis hypogaea) and mung bean (Vigna radiata). As a result, a total of 7 and 8 genes encoding NF-YA has been identified in peanut and mung bean, respectively. Based on the previous data, we confirmed that the NF-YA gene family in Legumes is a multiple family with the various members. NF-YA genes in Legumes contained from 4 to 7 exons, with the majority was formed by 5 exons and 4 introns. Next, the lengths of most of the NF-YAs in legumes are more than 300 amino acids and basic. Our phylogeny analysis showed that the function of NF-YA genes in the branch i of subgroup 1a.1 and 1b might be related to the nodule development, while the remaining genes in the branch ii of subgroup 1a.1, 1a.2 and 2a could act in the photosynthetic organs, such as stem, seed, leaf and flower. Taken together, our results could provide an important understanding in order to orientate the further functional characterization of NF-YA genes.

TTKHCNQG, CTv 178

Xem toàn văn
  • [1] S. Kumar; G. Stecher; K. Tamura (2016), MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets,Mol. Biol. Evol., Vol. 33, No. 7, pp. 1870-1874
  • [2] B. Hu; J. Jin; A. Y. Guo; H. Zhang; J. Luo; G. Gao (2015), GSDS 2.0: An upgraded gene feature visualization server,Bioinformatics, Vol. 31, No. 8, pp. 1296-1297
  • [3] E. Gasteiger; A. Gattiker; C. Hoogland; I. Ivanyi; R. D. Appel; A. Bairoch (2003), ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis,Nucleic Acids Res., Vol. 31, No. 13, pp. 3784-3788
  • [4] D. M. Goodstein; S. Shu; R. Howson; R. Neupane; R. D. Hayes; J. Fazo; T. Mitros; W. Dirks; U. Hellsten; N. Putnam, D. S. Rokhsar (2012), Phytozome: A comparative platform for green plant genomics,Nucleic Acids Res., Vol. 40, (Database issue), pp. D1178-D1186
  • [5] C. Ripodas; M. Castaingts; J. Clua; F. Blanco; M. E. Zanetti (2014), Annotation, phylogeny and expression analysis of the nuclear factor Y gene families in common bean (Phaseolus vulgaris),Front Plant Sci., Vol. 5, No. 761, pp. 1-13
  • [6] H. D. Chu; K. H. Nguyen; Y. Watanabe; D. T. Le; T. L. T. Pham; K. Mochida; L. P. Tran (2018), Identification, structural c-haracterization and gene expression analysis of members of the nuclear factor-Y family in chickpea (Cicer arietinum L.) under dehydration and abscisic acid treatments,Int. J. Mol. Sci., Vol. 19, No. 11, pp. E3290
  • [7] T. N. Quach; H. T. Nguyen; B. Valliyodan; T. Joshi; D. Xu; H. T. Nguyen (2015), Genome-wide expression analysis of soybean NF-Y genes reveals potential function in development and drought response,Mol Genet Genomics, Vol. 290, No. 3, pp. 1095-1115
  • [8] Z. Zhang; X. Li; C. Zhang; H. Zou; Z. Wu (2016), Isolation, structural analysis, and expression c-haracteristics of the maize Nuclear factor Y gene families,Biochem Biophys Res. Commun, Vol. 478, No. 2, pp. 752-758
  • [9] T. J. Stephenson; C. L. McIntyre; C. Collet; G. P. Xue (2007), Genome-wide identification and expression analysis of the NF-Y family of transcription factors in Triticum aestivum,Plant Mol. Biol., Vol. 65, No. 1-2, pp. 77-92
  • [10] W. Yang; Z. Lu; Y. Xiong; J. Yao (2017), Genomewide identification and co-expression network analysis of the OsNF-Y gene family in rice,Crop J., Vol. 5, No. 1, pp. 21-31
  • [11] T. Laloum; S. De Mita; P. Gamas; M. Baudin; A. Niebel (2013), CCAAT-box binding transcription factors in plants: Y so many?,Trends Plant Sci., Vol. 18, No. 3, pp. 157-166
  • [12] P. M. Gresshoff; S. Hayashi; B. Biswas; S. Mirzaei; A. Indrasumunar; D. Reid; S. Samuel; A. Tollenaere; B. van Hameren; A. Hastwell; P. Scott; B. J. Ferguson (2015), The value of biodiversity in legume symbiotic nitrogen fixation and nodulation for biofuel and food production,J. Plant Physiol, Vol. 172, pp. 128-136
  • [13] M. Aslam; I. A. Mahmood; M. B. Peoples; G. D. Schwenke; D. F. Herridge (2003), Contribution of chickpea nitrogen fixation to increased wheat production and soil organic fertility in rain-fed cropping,Biol. Fertil Soils, Vol. 38, No. 1, pp. 59-64