Tôm sú (Penaeus monodon) là loài được nuôi phổ biến ở nước ta và trên thế giới. Hiện nay, nguồn tôm bố mẹ phục vụ cho sản xuất giống vẫn phụ thuộc vào tôm sú tự nhiên bởi vì chất lượng sinh sản của tôm tự nhiên cao hơn tôm gia hóa. Mục tiêu của nghiên cứu là phân tích sự biểu hiện gen của buồng trứng tôm sú tự nhiên ở giai đoạn chưa thành thục và thành thục sinh sản bằng các phương pháp phân tích dựa vào hệ gen tham chiếu, và so sánh kết quả từ các phương pháp phân tích này. cDNA của các mẫu buồng trứng được giải trình tự bằng thiết bị Illumina. Kết quả lắp ráp bằng phương pháp có hệ gen tham chiếu đạt 71.678 contig, trong đó độ dài N50 của contig là 1.587 bp. Kết quả phân tích sự biểu hiện gen dựa vào hệ phiên mã vừa xây dựng xác định được 288 gen có biểu hiện khác biệt khi so sánh mẫu buồng trứng của giai đoạn thành thục và chưa thành thục. Trường hợp phân tích gen biểu hiện bằng cách căn chỉnh trực tiếp lên hệ gen tham chiếu chỉ xác định được 49 gen có biểu hiện khác biệt. Kết quả phân tích sự biểu hiện gen cũng cho thấy những gen liên quan đến tính trạng sinh sản có biểu hiện tăng ở giai đoạn thành thục, bao gồm vitellogenin, NADH dehydrogenase subunit 2, anti-lipopolysaccharide factor-like. Kết quả biểu hiện gen không đồng nhất giữa 2 phương pháp phân tích được thảo luận.

The black tiger shrimp (Penaeus monodon) is widely cultured in Vietnam and worldwide. Broodstock source for post-larval production still relies on the wild shrimps due to their higher reproductive quality in comparison with the domesticated broodstock. The aims of the current study were to analyse differential gene expression in the ovaries of black tiger shrimp between the stages of reproductive maturation using the reference genome-based approaches and to compare the results generated by these approaches. cDNAs of the ovarian samples were sequenced using the Illumina platform. Genome-guided assembly (GGA) was employed to generate 71,678 contigs with an N50 length of 1,587 bp. For gene expression analysis, the newly built-transcriptome-based approach identified a total number of 288 differentially expressed genes (DEGs) when the samples between the non-mature and mature stages were compared. The gene expression analysis using the reference mapping approach resulted in only 49 DEGs. The analyses indicated that many genes involved in the reproductive maturation were up-regulated, including vitellogenin, NADH dehydrogenase subunit 2, and anti-lipopolysaccharide factor-like. Different results of gene expression from both approaches are discussed.