BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  28,136,358
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Di truyền học

Trần Thị Bích Huy, Nguyễn Thành Công, Lê Tuấn Lộc, Trần Hoàng Dũng(1)

Sự đa dạng di truyền của chó Bắc Hà dựa vào đoạn trình tự 582bp vùng HV1 trên bộ gen ti thể

Genetic diversiti of Bac Ha dog based on 582BP mitochondrial HV1 region sequence

Tạp chí khoa học và công nghệ - Đại học Nguyễn Tất Thành

2019

8

52-56

2615-9015

Chó Bắc Hà, Đa dạng di truyền, Gen ti thể, Vùng HV1, Trình tự 582bp

Bac Ha dog, HV1, Haplotype, Haplogroup, Genetic diversiti

Nghiên cứu này đã đánh giá bước đầu về sự đa dạng di truyền của quần thể chó Bắc Hà dựa trên trình tự vùng HV1 của ty thể. Kết quả cho thấy, trong 15 cá thể được lấy mẫu, 11 kiểu haplotype khác nhau của nhóm A và B đã được xác định. Đáng chú ý, hai loại haplotype mới là An1 và An2 (13,33% dân số), mặc dù không được công bố trong bất kỳ nghiên cứu nào trước đây, đã được tìm thấy. Hầu hết các loại chó đơn bội có tỷ lệ giống nhau trong quần thể chó Bắc Hà, trong khi các loại không phổ biến (A44, A73, A85, A86, A121, A140) chiếm tỷ lệ lên đến 66,67%. Hơn nữa, phân tích các chỉ số di truyền cơ bản như đa dạng haplotype (0,952) và đa dạng nucleotide (0,00849) cho thấy sự đa dạng di truyền tương đối cao của giống chó này. Kết quả nghiên cứu sẽ cung cấp thêm cơ sở dữ liệu hữu ích cho các nghiên cứu di truyền học về hệ gen ty thể của quần thể chó Bắc Hà.

This study made an initial evaluation of the genetic diversities of Bac Ha dog population based on mitochondrial HV1 region sequence. The results showed that, in 15 sampled individuals, 11 different haplotypes of haplogroups A and B were identified. Notably, two novel haplotypes An1 and An2 (13.33% of the population), though not published in any previous studies, were found. Most haplotypes had similar shares in the Bac Ha dog population, while the uncommon ones (A44, A73, A85, A86, A121, A140) made up a proportion of up to 66.67%. Furthermore, analysis of basic genetic indexes such as haplotype diversity (0.952) and nucleotide diversity (0.00849) showed the relatively high genetic diversities of this breed. The study results will provide additional useful database for further genetic researches on mitochondrial genome of the Bac Ha dog population.

TTKHCNQG, CVv 503

Xem toàn văn
  • [1] Rozas J., Ferrer-Mata A., Sanchez-DelBarrio J.C., Guirao-Rico S., Librado P., Ramos-Onsins S.E., Sanchez-Gracia A. (2017), "DnaSP 6: DNA Sequence Polymorphism Analysis of Large Datasets",Molecular Biology and Evolution, 34(12), pp. 3299-3302
  • [2] Excoffier, L. and H.E. Lischer (2010), Arlequin suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows.,Molecular ecology resources, 2010. 10(3): p. 564-567.
  • [3] Bandelt, H.-J., P. Forster, and A. Röhl (1999), Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies.,Molecular biology and evolution, 1999. 16(1): p. 37-48.
  • [4] Thai, Q.K., D.A. Chung, and H.-D. Tran, (2017), Canis mtDNA HV1 database: a web-based tool for collecting and surveying Canis mtDNA HV1 haplotype in public database.,BMC Genetics, 2017. 18(1): p. 60
  • [5] Pereira, L., B. Van Asch, and A. Amorim (2004), Standardisation of nomenclature for dog mtDNA D-loop: a prerequisite for launching a Canis familiaris database.,Forensic science international, 2004. 141(2): p. 99-108.
  • [6] Gundry, R.L., et al., (2007), Mitochondrial DNA analysis of the domestic dog: control region variation within and among breeds.,J Forensic Sci, 2007. 52.
  • [7] Trần Hoàng Dũng , et al (2016), Xác định nguồn gốc cho Phú Quốc bằng trình tự vùng D-Loop trong genome ti thể,Tạp chí Sinh học, 2016. 38(2): p. 269-278
  • [8] Thai, Q.K., et al., (2016), Evaluation of genetic diversiti of Vietnamese dogs based on mitochondrial DNA hypervariable-1 region.,Research Result, 2016. 2(3): p. 45-50.
  • [9] Thai, Q.K., et al., (2016), Evaluation of genetic diversiti of phu quoc ridgeback dogs based on mitochondrial DNA hypervariable-1 region.,Journal of Biotechnology, 2016. 14(1A): p. 245-253.
  • [10] Klütsch, C., et al., (2011), Regional occurrence, high frequency but low diversiti of mitochondrial DNA haplogroup d1 suggests a recent dog‐wolf hybridization in Scandinavia.,Animal genetics, 2011. 42(1): p. 100-103.
  • [11] van Asch, B., et al. (2013), Pre-Columbian origins of Native American dog breeds, with only limited replacement by European dogs, confirmed by mtDNA analysis.,In Proc. R. Soc. B. 2013. The Royal Society.
  • [12] Oskarsson, M.C., et al. (2012), Mitochondrial DNA data indicate an introduction through Mainland Southeast Asia for Australian dingoes and Polynesian domestic dogs.,In Proc. R. Soc. B. 2012. The Royal Society.
  • [13] Savolainen, P., et al., (2004), A detailed picture of the origin of the Australian dingo, obtained f-rom the study of mitochondrial DNA.,Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2004. 101(33): p. 12387-12390
  • [14] Pang, J.-F., et al., (2009), mtDNA data indicate a single origin for dogs south of Yangtze River, less than 16,300 years ago, f-rom numerous wolves.,Molecular biology and evolution, 2009. 26(12): p. 2849-2864
  • [15] Savolainen, P., et al., (2002), Genetic evidence for an East Asian origin of domestic dogs.,Science, 2002. 298(5598): p. 1610-1613.
  • [16] Savolainen, P., et al. (1997), Sequence analysis of domestic dog mitochondrial DNA for forensic use.,Journal of Forensic Science, 1997. 42(4): p. 593-600
  • [17] Kim, K.S., et al. (1998), The complete nucleotide sequence of the domestic dog (Canis familiaris) mitochondrial genome.,Molecular phylogenetics and evolution, 1998. 10(2): p. 210-220
  • [18] Wang, G.D., et al. (2016), Out of southern East Asia: the natural history of domestic dogs across the world.,Cell Res, 2016. 26(1): p. 21-33.
  • [19] Forster, P., et al. (2000), A short tandem repeat–based phylogeny for the human Y chromosome.,The American Journal of Human Genetics, 2000. 67(1): p. 182-196.
  • [20] Fan, H. and J.-Y. Chu, (2007), A brief review of short tandem repeat mutation.,Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2007. 5(1): p. 7-14
  • [21] Lindblad-Toh, K., et al., (2005), Genome sequence, comparative analysis and haplotype structure of the domestic dog.,Nature, 2005. 438(7069): p. 803.
  • [22] Morey, D.F., (2006), Burying key evidence: the social bond between dogs and people.,Journal of Archaeological Science, 2006. 33(2): p. 158-175.