BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  21,940,277
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Vũ Thị Trang, Lưu Thị Hà Giang, Phạm Hồng Nhật, Lê Văn Khôi(1), Bùi Thị Ánh Nguyệt, Nguyễn Hữu Đức, Đặng Thị Lụa

Đánh giá đa dạng di truyền và cấu trúc quần thể một số đàn cá chép ở Việt Nam

Nông nghiệp & Phát triển nông thôn

2021

10

93 - 100

1859-4581

COI, D-loop, cá chép, đa dạng di truyền, haplotype.

Nghiên cứu này đánh giá đa dạng di truyền, cấu trúc quần thể, phát sinh loài của 7 đàn cá chép bao gồm cá chép trắng Việt Nam (VN), cá chép chọn giống VI (VI), cá chép vảy Hungary (HV), cá chép vàng Indonesia (IN), cá chép vảy Hungary đàn Tata (TAT), cá chép vảy Hungary đàn Szarvas (SZA) và cá chép Cộng hòa Séc (SE) dựa trên phân tích trình tự gen COI và D-loop. Kết quả chỉ ra rằng, đàn VN và VI là đàn có đa dạng di truyền cao nhất trong khi các đàn HV, TAT, SZA, SE và IN có đa dạng di truyền thấp khi xét trên cả 2 gen COI và D-loop. Nghiên cứu đã xác định được 53 haplotype, trình tự các haplotype đã được công bố trên GenBank - NCBI, vói mã số MW450991 - MW451003 (gen COI) và MW463062 - MW463101 (gen D-loop). Về sai khác di truyền, đáng chú ý nhất là sự sai khác di truyền xét trên gen COI giữa đàn SE với tất cả các đàn cá chép còn lại, đặc biệt là giữa SE và HV, giữa SE và SZA (đều có FST = 1), cho thấy không có sự chia sẻ về mặt di truyền giữa các đàn này. Kết quả phân tích AMOVA dựa trên gen COI cho thấy các đàn có cấu trúc quần thể rõ ràng do sự đóng góp đáng kể về khác biệt di truyền giữa các đàn. Cây phát sinh loài phân tử cho thấy mối quan hệ di truyền xa giữa SE và các đàn còn lại (xét trên gen COI) và mối quan hệ di truyền gần gũi của 7 đàn (xét trên gen D-loop). Nghiên cứu đã góp phần tạo cơ sở dữ liệu nguồn gen tham chiếu và phụ trợ cho các nghiên cứu cần thông tin về nguồn gen của một số đàn cá chép ở Việt Nam hiện nay, đồng thời phục vụ công tác chọn giống và bảo tồn nguồn gen.

TTKHCNQG, CVv 201

Xem toàn văn
  • [1] Zhao Y.; Zheng X.; Zhu X.; Kuang Y.; Sun X. (2020), Genetic variation of common carp Cyprinus carpio L. in China based on mitochondrial COII gene.,Aquaculture Reports 18:100462.
  • [2] W eber M. J.; Brown M. L. (2011), Relationships among invasive common carp, native fishes and physicochemical c-haracteristics in upper Midwest (USA) lakes.,Ecology of Freshwater Fish, 20(2):270-278.
  • [3] Ward R. D.; ZemlakT. S.; Innes B. H.; Last P. R.; Hebert P. D. (2005), DNA barcoding Australia’s fish species.,Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 360(1462):1847-1857.
  • [4] Thai B. T.; Pham T. A.; Austin C. M. (2006), Genetic diversity of common carp in Vietnam using direct sequencing and SSCP analysis of the mitochondrial DNA control region.,Aquaculture 258(1) :228-240.
  • [5] Sambrook J; Russell D. (2001), Molecular Cloning: A Laboratory Manual.,Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
  • [6] Rozas J.; Ferrer-Mata A.; Sanchez-DelBarrio J. C.; Guirao-Rico S.; Librado P.; Ramos-Onsins S. E.; Sanchez-Gracia; A. (2017), DnaSP 6: DNA sequence polymorphism analysis of large data sets.,Molecular biology and evolution 34(12): 3299-3302.
  • [7] Rahman M. M. (2015), Effects of co-cultured common carp on nutrients and food web dynamics in rohu aquaculture ponds.,Aquacult Environ Interact 6:223-232.
  • [8] Nguyễn Quang Huy (2017), Báo cáo tổng kết nhiệm vụ “Bảo tồn, lưu giữ nguồn gen và giống thủy sản”.,Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản 1. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
  • [9] Kumar S.; Stecher G.; Li M.; Knyaz C.; Tamura K. (2018), MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms.,Molecular Biology and Evolution 35:1547-1549.
  • [10] Kohlmann K; Kersten P. (2013), Deeper insight into the origin and spread of European common carp (Cyprinus carpio carpio) based on mitochondrial D-loop sequence polymorphisms.,Aquaculture, 376-379:97-104.
  • [11] Karnai; L.; I. Szúcs. (2018), Outlooks and perspectives of the common carp production.,Roczniki Naukowe Stowarzyszenia Ekonomistow Rolnictwa i Agrobiznesu XX: 64-71.
  • [12] Hubert N.; Hanner R.; Holm E.; Mandrak N. E.; Taylor E.; Burridge M.; Watkinson D.; Dumont P.; Curry A.; Bentzen P.; Zhang J. (2008), Identifying Canadian freshwater fishes through DNA barcodes.,PLoS one, 3(6), p.e2490.
  • [13] Hall T. A. (1999), BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT.,Nucleic Acids Symposium Series, 41, 95-98.
  • [14] Excoffier L.; Laval G.; Schneider S. (2005), Arlequin ver. 3.0: An integrated software package for population genetics data analysis.,Evol. Bioinform. (1) 47-50.
  • [15] Chang Y. S; Huang F. L; Lo T. B. (1994), The complete nucleotide sequence and gene organization of carp (Cyprinus carpio) mitochondrial genome.,J. Mol. Evol. 38 (2), 138-155.