BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  24,645,839
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Sinh tin học

Chu Đức Hà, Phạm Thị Quỳnh, Phạm Thị Lý Thu(1), Nguyễn Văn Cương, Lê Tiến Dũng

Xác định họ gen mã hóa protein vận chuyển sweet trên cây sắn (Manihot esculenta Crantz)

Idenfication of the sweet transporter gene family in cassava (Manihot esculenta Crantz)

Tạp chí Khoa học (Đại học Sư phạm Hà Nội)

2018

3

140-149

2354-1075

Sắn, Sucrose, Gen SWEETl Microarray, Tin sinh học

Cassava, Manihot esculenta, SWEET, Microarray, Bbioinformatics

Họ protein vận chuyển sucrose SWEET (sugars will eventually be exported transporters) đóng vai trò quan trọng trong một loạt quá trình sinh học ở thực vật như sinh trưởng, phát triển và đáp ứng với thay đổi của ngoại cảnh. Trong nghiên cứu này, chúng tôi tiến hành xác định họ gen SWEET ở cây sắn. Kết quả đã xác định đựợc 28 gen thành viên của họ SWEET trong hệ gen sắn. Các gen này phân bố rải rác trên các nhiễm sắc thể của hệ gen sắn. Phân tích cấu trúc gen cho thấy trình tự CDS (coding DNA sequence) của họ gen MeSWEET ở sắn chủ yếu chứa 6 exon tương tự như trật tự exon/intron ở một số loài thực vật khác. Giá trị điểm đẳng điện và phân tích TargetP cho thấy hầu hết MeSWEET có tính base và chúng có thể đựợc phân bố trên hệ thống bao gói. Kết quả của nghiên cứu này đã cung cấp những thông tin cơ bản của họ gen SWEET ở sắn, từ đó có thể định hứớng cho nghiên cứu tiếp theo về chức năng của những gen này.

The SWEET (sugars will be eventually exported transporters) family play important roles in various biological processes, such as plant growth, development and response to environmental conditions. In this study, we performed a comprehensive search of the cassava genome, leading to the identification of 28 members of MeSWEET gene family. These genes were distributed in 13 chromosomes out of 18 ones in cassava. Most of MeSWEET genes had 6 exons, this exon/intron organization was also previously found in other plant species. The isoelectric point and prediction using TargetP suggested that a majority of MeSWEET may be distributed on the secretory pathway. The results of this study would provide insights into the general information of SWEET gene family in cassava, thus serve as a basis for further functional research of such genes

TTKHCNQG, CVv 157

Xem toàn văn
  • [1] J. Kiraga, P. Mackiewicz, D. Mackiewicz, M. Kowalczuk, P. Biecek, N. Polak, K. Smolarczyk, M. R. Dudek, S. Cebrat, (2007), The relationships between the isoelectric point and: length of proteins, taxonomy and ecology of organisms,BMC Genomics, 8, pp.163
  • [2] H. N. Lim, Y. Lee, R. Hussein (2011), Fundamental relationship between operon organization and gene expression.,Proceedings of the National Academy of Sciences, 108, pp. 10626-10631.
  • [3] F. Awoleye, M. van Duren, J. DolezelF. J. Novak (1994), Nuclear DNA content and in vitro induced somatic polyploidization cassava (Manihot esculenta Crantz) breeding.,Euphytica, 76, pp. 195-202.
  • [4] B. Hu, J. Jin, A. Y. Guo, H. Zhang, J. Luo, G. Gao (2015), GSDS 2.0: an upgraded gene feature visualization server.,Bioinformatics, 31, pp. 1296-1297
  • [5] O. Emanuelsson, S. Brunak, G. von Heijne, H. Nielsen (2007), Locating proteins in the cell using TargetP, SignalP and related tools,Nature Protocols, 2, pp. 953-971
  • [6] E. Gasteiger, A. Gattiker, C. Hoogland, I. Ivanyi, R. D. Appel, A. Bairoch (2003), ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis.,Nucleic Acids Research, 31, pp. 3784-3788.
  • [7] D. M. Goodstein, S. Shu, R. Howson, R. Neupane, R. D. Hayes, J. Fazo, T. Mitros, W. Dirks, U. Hellsten, N. Putnam, D. S. Rokhsar (2012), Phytozome: a comparative platform for green plant genomics,Nucleic Acids Research, 40, pp. D1178-1186.
  • [8] R. H. Howeler (2014), Sustainable soil and crop management of Cassava in Asia - A reference manual,CIAT Publication No. 389.
  • [9] Chu c Hà, L h gọc u nh, guy n rọng iển h m h hu uy m i n ng (2016), Morphological c-haracterization and classification of cassava (Manihot esculenta Crantz) in Vietnam.,Tạp chí Sinh học 38, pp. 344-351.
  • [10] C. C. Chetty, C. B. Rossin, W. Gruissem, H. Vanderschuren, M. E. C. Rey (2013), Empowering biotechnology in southern Africa: establishment of a robust transformation platform for the production of transgenic industry-preferred cassava.,New Biotechnology, 30, pp. 136-143.
  • [11] H. Jian, K. Lu, B. Yang, T. Wang, L. Zhang, A. Zhang, J. Wang, L. Liu, C. Qu, J. Li (2016), Genome-wide analysis and expression profiling of the SUC and SWEET gene families of sucrose transporters in oilseed rape (Brassica napus L.).,Frontier Plant Sciences, 7, pp. 1464.
  • [12] G. Patil, B. Valliyodan, R. Deshmukh, S. Prince, B. Nicander, M. Zhao, H. Sonah, L. Song, L. Lin, J. Chaudhary, Y. Liu, T. Joshi, D. Xu, H. T. Nguyen (2015), Soybean (Glycine max) SWEET gene family: insights through comparative genomics, transcriptome profiling and whole genome re-sequence analysis.,BMC Genomics, 16, pp. 520
  • [13] C. Y. Feng, J. X. Han, X. X. Han, J. Jiang (2015), Genome-wide identification, phylogeny, and expression analysis of the SWEET gene family in tomato,Gene, 573, pp. 261-272
  • [14] Q. M. Zheng, Z. Tang, Q. Xu, X. X. Deng (2014), Isolation, phylogenetic relationship and expression profiling of sugar transporter genes in sweet orange (Citrus sinensis),Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 119, pp. 609-624.
  • [15] U. Sonnewald (2011), Sweets - the missing sugar efflux carriers,Frontier Plant Sciences, 2, pp. 7
  • [16] N. Aoki, T. Hirose, G. N. Scofield, P. R. Whitfeld, R. T. Furbank (2003), The sucrose transporter gene family in rice,Plant Cell Physiology, 44, pp. 223-232.
  • [17] X. Gong, M. Liu, L. Zhang, Y. Ruan, R. Ding, Y. Ji, N. Zhang, S. Zhang, J. Farmer, C. Wang, (2015), Arabidopsis AtSUC2 and AtSUC4, encoding sucrose transporters, are required for abiotic stress tolerance in an ABA-dependent pathway,Physiology Plant, 153, pp. 119-136.
  • [18] N. Gould, M. R. Thorpe, J. Pritc-hard, J. T. Christeller, L. E. Williams, G. Roeb, U. Schurr, P. E. Minchin (2012), AtSUC2 has a role for sucrose retrieval along the phloem pathway: evidence f-rom carbon-11 tracer studies.,Plant Sciences, 188, pp. 97-101.
  • [19] J. Wind, S. Smeekens, J. Hanson (2010), Sucrose: metabolite and signaling molecule,Phytochemistry, 71, pp. 1610-1614
  • [20] S. Smeekens, H. A. Hellmann (2014), Sugar sensing and signaling in plants,Frontier Plant Sciences, 5, pp. 113.