BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  22,435,405
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Cây công nghiệp và cây thuốc

Phạm Phương Thu, Trần Thị Phương Liên, Tạ Hồng Lĩnh(2), Chu Đức Hà, Nguyễn Thị Ngọc Ánh(1), Bùi Thị Thu Hương, Nguyễn Văn Lộc, Lê Thị Ngọc Quỳnh(3), Nguyễn Sông Thao, Trần Thị Thanh Huyền

Nghiên cứu nhóm gen quy định protein vận chuyển đường sucrose ở cây diêm mạch (Chenopodium quinoa) bằng công cụ tin sinh học dữ liệu lớn

Study on the sucrose transporter gene family in quinoa (Chenopodium quinoa) by the big data analytic computational approaches

Khoa học và Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam

2021

7

18 - 23

1859 - 1558

Cây diêm mạch, Chenopodium quinoa, Dữ liệu lớn, SWEET, Tin sinh học

Chenopodium quinoa, Big data, SWEET, Bioinformatics

Diêm mạch (Chenopodium quinoa) là một trong những đối tượng cây trồng có giá trị kinh tế cao và được trồng trọt phổ biến trên thế giới. Tuy nhiên, những hiểu biết về cơ chế thích nghi của cây diêm mạch vẫn còn hạn chế do thông tin di truyền của loài mới chỉ được ghi nhận gần đây. Trong nghiên cứu này, họ protein vận chuyển đường sucrose, SWEET (Sugar Will Eventually be Exported Transporter), đã được tìm hiểu ở cây diêm mạch thông qua các công cụ phân tích tin sinh học dữ liệu lớn. Kết quả đã xác định được 29 gen CqSWEET trong hệ gen của diêm mạch. Trong đó, phần lớn họ gen CqSWEET đều chứa năm hoặc sáu exon, tương tự như họ SWEET ở các loài thực vật khác. Đánh giá dữ liệu biểu hiện cho thấy các gen CqSWEET có biểu hiện đa dạng tại bộ phận chính trong cây. Đáng chú ý, CqSWEET09 và 20 có biểu hiện đặc thù tại hoa và quả. Kết quả của nghiên cứu này đã cung cấp những dẫn liệu khoa học cho việc tìm hiểu về vai trò của họ CqSWEET liên quan đến tính chống chịu bất lợi ở cây diêm mạch.
 

Quinoa (Chenopodium quinoa) is regarded as one of the highly-valued crops that are cultivated widely in the world. However, the mechanism of the adaptation in the quinoa plant has been still lacking, even the genetic information of this species was recently published. In this study, the sucrose transporter, namely ‘SWEET’ (Sugar Will Eventually be Exported Transporter), has been identified in the quinoa genome by the big data computational analysis. As a result, a total of 29 CqSWEET genes has been reported in the quinoa genome. Among them, the majority of CqSWEET genes contain five or six exons, as confirmed in other plant species. Our expression analysis indicated that the CqSWEET genes had differentially expressed in the major organs. Interestingly, CqSWEET09 and 20 have been noted to exclusively express in both flowers and fruits. Taken together, our study could provide a solid foundation for further investigation of the function of the CqSWEET genes related to the mechanism of stress response in quinoa.
 

TTKHCNQG, CVv 490

Xem toàn văn
  • [1] Yuan; M.; Wang; S. (2013), Rice MtN3/saliva/SWEET family genes and their homologs in cellular organisms.,Mol Plant, 6(3): 665-674.
  • [2] Patil; G.; Valliyodan; B.; Deshmukh; R.; Prince; S.; Nicander; B.; Zhao; M.; Sonah; H.; Song; L.; Lin; L.; Chaudhary; J.; Liu; Y.; Joshi; T.; Xu; D.; Nguyen; H. T. (2015), Soybean (Glycine max) SWEET gene family: insights through comparative genomics, transcriptome profiling and whole genome re-sequence analysis.,BMC Genomics, 16: 520.
  • [3] Liao; Y.; Smyth; G. K.; Shi; W. (2019), The R package Rsubread is easier, faster, cheaper and better for alignment and quantification of RNA sequencing reads.,Nucleic Acids Research, 47(8): e47.
  • [4] Kumar; S.; Stecher; G.; Tamura; K. (2016), MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets.,Molecular Biology and Evolution, 33(7): 1870-1874.
  • [5] Gautam; T.; Saripalli; G.; Gahlaut; V.; Kumar; A.; Sharma; P.; Balyan; H.; Gupta; P. (2019), Further studies on sugar transporter (SWEET) genes in wheat (Triticum aestivum L.).,Molecular Biology Reports, 46(2): 2327-2353.
  • [6] Chen; L. (2014), SWEET sugar transporters for phloem transport and pathogen nutrition.,New Phytology, 201(4): 1150-1155.
  • [7] Chandran; D. (2015), Co-option of developmentally regulated plant SWEET transporters for pathogen nutrition and abiotic stress tolerance.,IUBMB Life, 67(7): 461-471.
  • [8] Chu Đức Hà; Phùng Thị Vượng; Chu Thị Hồng; Phạm Thị Lý Thu; Phạm Phương Thu; Trần Thị Phương Liên; La Việt Hồng (2018), Định danh và phân tích cấu trúc của họ gen mã hóa protein vận chuyển đường sucrose ở cây đậu gà (Cicer arietinum).,Tạp chí Khoa học và Công nghệ Đại học Thái Nguyên, 194(01): 133-138.
  • [9] Chu Đức Hà; Phạm Thị Quỳnh; Phạm Thị Lý Thu; Nguyễn Văn Cương; Lê Tiến Dũng (2018), Xác định họ gen mã hóa protein vận chuyển SWEET trên cây sắn (Manihot esculenta Crantz).,Tạp chí Khoa học Đại học Sư phạm Hà Nội, 63(3): 140-149.