BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  21,965,148
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Nuôi trồng thuỷ sản

Nguyễn Văn Sáng(1), Nguyễn Minh Thành, Nguyễn Hoàng Thông, Trần Hoàng Gia Linh, Lê Hoàng Khôi Nguyên, Nguyễn Hồng Lộc

Đánh giá đa dạng di truyền các quần thể cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus) bằng 20 chỉ thị phân tử microsatellite mới phát triển

Khoa học & công nghệ Việt Nam

2021

07B

37 - 41

1859-4794

Cá Tra, Chỉ thị microsatellite, Đa dạng, Di truyền, Pangasianodon hypophthalmus

Cá Tra - Pangasianodon hypophthalmus là một trong những đối tượng thủy sản quan trọng mang lại giá trị xuất khẩu lớn tại Việt Nam. Nghiên cứu này sử dụng 26 chỉ thị microsatellite mới phát triển từ trình tự hệ gen cá Tra để đánh giá đa dạng di truyền 3 quần thể cá Tra tự nhiên (Biển Hồ, Cửu Long và Kratie) nhằm phục vụ cho Chương trình chọn giống cá Tra. Nghiên cứu phát hiện 6/26 locus có tần số alen ảo đáng kể và sai khác với định luật Hardy- Weinberg. Đối với 20 locus không mang alen ảo, nghiên cứu đã xác định được tổng cộng 255 alen, dao động từ 7 đến 21 alen mỗi locus, trong đó có nhiều alen đặc trưng cho quần thể. Kết quả phân tích trên 20 locus cho thấy, hệ số đa hình trung bình PIC=0,783; tỷ lệ dị hợp tử quan sát Ho=0,809; tỷ lệ dị hợp tử mong đợi He=0,812; hệ số cận huyết Fis=-0,0147 (Fis <0). Kết quả này cho thấy các quần thể cá Tra có mức độ đa dạng di truyền cao, phù hợp cho công tác chọn giống lâu dài. Kết quả phân tích AMOVA, kiểm định giá trị FST và so sánh khoảng cách di truyền DST cho thấy, 3 quần thể cá Tra có sự thay đổi mức độ phân tử nhỏ, trong đó quần thể Kratie có khoảng cách di truyền đáng kể so với hai quần thể còn lại.

TTKHCNQG, CVv 8

Xem toàn văn
  • [1] N. So; T. Nao. (1999), National aquaculture development review (1984-1999) and aquaculture development plan (2000-2020).,Department of Fisheries, Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries
  • [2] S.T. Touch (2000), Life cycle of Pangasianodon hypophthalmus and the impact of catch and culture.,Paper presented at the Catfish Asia Conference
  • [3] D. Botstein; R.L. White; M. Skolnick; R.W. Davis (1980), Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms.,American Journal of Human Genetics, 32(3), pp.314-331.
  • [4] M. Nei (1972), Genetic distance between populations.,The American Naturalist, 106(949), pp.283-292.
  • [5] B.S. Weir; C.C. Cockerham (1984), Estimating F-statistics for the analysis of population structure.,Evolution, 38, pp.1358-1370.
  • [6] R. Chakraborty; M. De Andrade; S.P. Daiger; B. Budowle (1992), Apparent heterozygote deficiencies observed in DNA typing data and their implications in forensic applications.,Annals of Human Genetics, 56, pp.45-47.
  • [7] Nguyễn Văn Sáng; Nguyễn Minh Thành; Nguyễn Hồng Lộc; Nguyễn Hoàng Thông; Lê Hoàng Khôi Nguyên (2013), Kết quả bước đầu phát triển bộ chỉ thị microsatellite mới từ hệ gen cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus) bằng công cụ tin sinh học.,Tạp chí Nghề cá sông Cửu Long, 18, tr.14-22.
  • [8] O.T.P. Kim; P.T. Nguyen; E. Shoguchi; K. Hisata; T.T.B. Vo; J. Inoue; C. Shinzato; B.T.N. Le; K. Nishitsuji; M. Kanda; V.H. Nguyen; H.V. Nong; N. Satoh (2018), A draft genome of the striped catfish, Pangasianodon hypophthalmus, for comparative analysis of genes relevant to development and a resource for aquaculture improvement.,BMC Genomics, 19(1), p.733.
  • [9] X. Wang; T.A. Rinehart; P.A. Wadl; J.M. Spiers; D. Hadziabdic; M.T. Windham; R.N. Trigiano (2009), A new electrophoresis technique to separate microsatellite alleles.,African Journal of Biotechnology, 8(11), pp.2432-2436.
  • [10] Bùi Thị Liên Hà; Nguyễn Văn Sáng; Nguyễn Văn Hảo; David Hurwood; Peter Mather (2011), Bước đầu đánh giá đa dạng di truyền quần đàn cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus) có nguồn gốc tự nhiên từ các trại giống và chương trình chọn giống ở Việt Nam.,Tuyển tập Nghề cá sông Cửu Long, tr.13-23.
  • [11] N. So; G.E. Maes; F.A.M. Volckaert (2006), High genetic diversity in cryptic populations of the migratory sutchi catfish Pangasianodon hypophthalmus in the Mekong River.,Heredity, 96(2), pp.166-174.
  • [12] E. Guichoux; L. Lagache; S. Wagner; P. Chaumeil; P. Leger; O. Lepais; C. Lepoittevin; T. Malausa; E. Revardel; F. Salin; R.J. Petit (2011), Current trends in microsatellite genotyping.,Mol. Ecol. Resour., 11(4), pp.591-611.
  • [13] M.T. Nguyen; N.T.P. Le; T.L. Nguyen; A.L. Duong (2019), Parentage assignment in striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) based on microsatellite markers.,The Israel Journal of Aquaculture - Bamidgeh, IJA_71.2019.1605, p.9.
  • [14] Y. Kelkar; N. Strubczewski; S. Hile; F. Chiaromonte; K. Eckert; K. Makova (2010), What is a microsatellite: A computational and experimental definition based upon repeat mutational behavior at A/T and GT/AC repeats.,Genome Biology and Evolution, 2, pp.620-635.
  • [15] N. Mittal; A. Dubey (2009), Microsatellite markers - A new practice of DNA based markers in molecular genetics.,Pharmacognosy Reviews, 3, pp.235-246.
  • [16] Q. Liu; F. Cui; P. Hu; G. Yi; Y. Ge; W. Liu; H. Yan; L. Wang; H. Liu; J. Song; Y. Jiang; L. Zhang; X. Tu (2018), Using of microsatellite DNA profiling to identify hatchery-reared seed and assess potential genetic risks associated with large-scale release of swimming crab Portunus trituberculatus in Panjin, China.,Fisheries Research, 207, pp.187-196.
  • [17] V.S. Nguyen; G. Klemetsdal; J. Ødegård; H. Gjøen (2012), Genetic parameters of economically important traits recorded at a given age in striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus).,Aquaculture, 344-349(12), pp.82-89.
  • [18] L.T. Phan; T.M. Bui; T.T.T. Nguyen; G.J. Gooley; B.A. Ingram; B.A. Nguyen, P.T. Nguyen; S.S. De Silva (2009), Current status of farming practices of striped catfish, Pangasianodon hypophthalmus in the Mekong Delta, Vietnam.,Aquaculture, 296(3-4), pp.227-236.