Vi khuẩn mang gen kháng kháng sinh là mối đe doạ đối với sức khoẻ cộng đồng. Kết quả nghiên cứu từ 50 hộ chăn nuôi quy mô nhỏ tại Sóc Sơn - Hà Nội cho thấy tỷ lệ phát hiện E. coli kháng colistin trong chất thải lợn là 72% (36/50 hộ) và mẫu chất thải người chăn nuôi là 16% (8/50 hộ). Giải trình tự toàn bộ hệ gen (WGS) 10 chủng E. coli kháng colistin phân lập từ 5 hộ chăn nuôi (1 chủng phân lập từ người và 1 chủng từ lợn) bằng kỹ thuật Oxford Nanopore Technologies (ONT) cho biết có 38 kiểu gen kháng (14 gen nằm trên chromosome và 31 gen kháng nằm trên plasmids) với 9 nhóm kháng sinh và các chủng mang đồng thời từ 7 đến 22 loại gen kháng, bao gồm Beta-lactams, colistin, tetracycline, sulfonamide, quinolon, phenicol, aminoglycoside, marcolide, và trimethoprim. Các gen mcr-1 và/hoặc mcr-3 được phát hiện trong 100% (10/10) chủng E. coli kháng colistin. Kết quả cũng cho biết có 3 chủng phân lập từ lợn và 1 chủng từ người mang đồng thời 2 gen mcr-1 và mcr-3. Nghiên cứu đã phát hiện được 1 chủng E. coli (barcode 60 - PCE 20.1) phân lập từ lợn 1 chủng phân lập từ người (barcode 67- PCE 31.1) được xác định thuộc cùng 1 nhánh và có mối quan hệ gần gũi về mặt di truyền mặc dù thuộc 2 hộ chăn nuôi khác nhau.

Antibiotic-resistant bacteria and the circulation of drug-resistant genes are a threat to public health globally. Research results show that the rate of detected of colistin ressitant E. coli from pigs in small- scale pig farm in Soc Son - Hanoi was 72% (36/50 farms) and from farm-workers was 16% (8/50 farms). Of these, 10 E. coli strains from 05 farms were selected for analyzing their genomic sequences by Oxford Nanopore Technologies (ONT) systerm (one strain from pig and one strain from farm-worker each of five farms). The studied results showed that 38 resistance genes (14 genes located on chromosome và 31 genes located on plasmids) with 9 antibiotic group. 10 strains were determined to carry to 7-22 resistance genes simultaneously. E. coli strains carried resistance genes of β-lactams, colistin, tetracycline, sulfonamide, quinolon, phenicol, aminoglycoside, marcolide, trimethoprim. The mcr-1 and/or mcr-3 were found in 10 E. coli strains carrying colistin-resistance phenotype. One strain isolated from farmer and 3 strains isolated from pigs carried 2 mcr-1 and mcr-3 simultaneously. One E. coli strain (barcode 60 - PCE 20.1) was detected from pigs and another (barcode 67- PCE 31.1) was isolated from farm-workers were of the same resistance gen characteristic eventhought they were detected from two diffirent farms.