Quy trình kỹ thuật real-time PCR SYBR chẩn đoán biến thể rs216321 trên gen VWF ở người bệnh xuất huyết nội sọ tự phát

Chỉ số đề mục

76

Lĩnh vực nghiên cứu

Kỹ thuật và thiết bị y học

Dạng tài liệu

BB

Tác giả

Phạm Phú Song Huy, Nguyễn Hưng Thịnh, Nguyễn Hoàng Tuyết Minh, Nguyễn Hữu Ngọc Tuấn⁽¹⁾

Nhan đề

Quy trình kỹ thuật real-time PCR SYBR chẩn đoán biến thể rs216321 trên gen VWF ở người bệnh xuất huyết nội sọ tự phát

Nhan đề tiếng anh

Optimized allele-specific real-time PCR assays for the detection of the rs216321 variant in VWF gene in patients with spontaneous intracranial hemorrhage

Nguồn trích

Tạp chí Y học Việt Nam (Tổng hội Y học Việt Nam)

Năm xuất bản

2024

Số

1

Trang

309-313

ISSN

1859-1868

Từ khóa

Real-time PCR, Biến thể rs216321, Gen VWF, Xuất huyết nội sọ tự phát

Từ khóa tiếng anh

Real-time PCR, Rs216321, VWF gene, Spontaneous intracranial hemorrhage, Diagnosis

Tóm tắt

Xây dựng quy trình kỹ thuật real-time PCR SYBR chẩn đoán biến thể rs216321 trên gen VWF ở bệnh nhân xuất huyết nội sọ tự phát. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Thiết kế 3 đoạn mồi đặc hiệu cho biến thể, đánh giá độ đặc hiệu đoạn mồi và tối ưu hóa nồng độ đoạn mồi. Xác định đặc điểm chẩn đoán biến thể rs216321 của phản ứng real-time PCR trên hệ thống QuantStudio 5 (Thermo Fisher). Áp dụng quy trình đã tối ưu lên 22 mẫu đã được giải trình tự Sanger nhằm đánh giá độ nhạy, độ đặc hiệu và độ xác thực. Kết quả: Xây dựng thành công quy trình real-time PCR bao gồm: thiết kế và đánh giá độ đặc hiệu 3 đoạn mồi bằng phương pháp điện di gel Labchip (1 đỉnh cường độ sáng phân tách rõ), tối ưu hóa nồng độ đoạn mồi (250 nM), xác định được giá trị |ΔCt| = 3 để phân biệt kiểu gen. Độ nhạy, độ đặc hiệu, độ xác thực đạt 100%. Kết luận: Đã xây dựng quy trình real-time PCR để xác định biến thể đa hình đơn nucleotide rs216321 trên gen VWF. Quy trình áp dụng trên người bệnh, làm cơ sở để khảo sát cỡ mẫu lớn mang tính đại diện. Từ đó tạo nên nguồn dữ liệu, thông tin về biến thể trên quần thể người Việt Nam.

Tóm tắt tiếng anh

To develop a SYBR Green real-time PCR assay to detect the rs216321 variant gene VWF in patients with spontaneous intracranial hemorrhage. Materials and methods: Designing three allele-oligonucleotide primers, evaluating their specificity and optimizing their concentration. Determining the diagnostic characteristics of the rs216321 variant by performing a real-time PCR reaction on the QuantStudio 5 system (Thermo Fisher). Applied the optimized procedure to 22 Sanger-sequenced samples to evaluate sensitivity, specificity and accuracy. Results: Successfully built real-time PCR process, including designing and evaluating the specificity of three primers using the Labchip gel electrophoresis method (with one clearly separated light intensity peak), optimizing the primer concentration (250 nM) and determining the absolute value of ΔCt to be 3 in order to distinguish genotypes. The sensitivity, specificity and accuracy reached 100 percent. Conclusions: Built a real-time PCR to identify the single nucleotide polymorphic variant rs216321 in VWF gene. This procedure was applied to patients, providing a basis for surveying a large, representative sample size. This creates a source of data and information about variations in the Vietnamese population.

Kí hiệu kho

TTKHCNQG, CVv 46

File toàn văn

Xem toàn văn