BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
HỆ THỐNG THÔNG TIN QUỐC GIA VỀ KHOA HỌC, CÔNG NGHỆ VÀ ĐỔI MỚI SÁNG TẠO

Lọc theo danh mục
  • Năm xuất bản
    Xem thêm
  • Lĩnh vực
liên kết website
Lượt truy cập
 Lượt truy cập :  30,090,151
  • Công bố khoa học và công nghệ Việt Nam

Kỹ thuận chẩn đoán bệnh

Phan Nguyễn Thanh Vân, Nguyễn Hữu Ngọc Tuấn(1), Nguyễn Hưng Thịnh, Nguyễn Ước Nguyện

Xác định giá trị sử dụng của phương pháp gộp dung dịch trong chẩn đoán SARS-COV-2 bằng kỹ thuật RT-qPCR

Validation of sample/media pooling in SARS – CoV – 2 testing in RT – qPCR

Tạp chí Y học Việt Nam (Tổng hội Y học Việt Nam)

2022

2

130-134

1859-1868

Đại dịch Covid 19, SARS-CoV-2, Kỹ thuật RT-qPCR, Phương pháp gộp mẫu, Chẩn đoán

Covid-19 pandemic, SARS-CoV-2, RT -qPCR technique, Swab pooling, Diagnosis

Hướng dẫn tạm thời việc gộp mẫu xét nghiệm SARS-CoV-2 của Bộ Y tế ủng hộ hai phương pháp gộp mẫu là gộp que phết và gộp dịch. Phương pháp gộp dịch thể hiện một số ưu điểm trội hơn phương pháp gộp que như không cần tái lấy mẫu để giải gộp; hạn chế nguy cơ lây nhiễm chéo và kết quả xét nghiệm không đồng nhất. Tuy có nhiều ý nghĩa, phương pháp gộp dịch cần được xác định giá trị sử dụng trước khi triển khai một cách thận trọng. Nghiên cứu này được thực hiện xác định mức độ ảnh hưởng của việc pha loãng đến tính chính xác của xét nghiệm và số lượng mẫu gộp tối ưu. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu thực nghiệm, kiểu thu thập dữ liệu tiến cứu trên Bộ sinh phẩm PureLink™ Viral RNA/DNA Mini Kit (Invitrogen, Hoa Kỳ), bộ sinh phẩm TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit (ThermoFisher, Hoa Kỳ) và mẫu phết tỵ hầu SARS-CoV-2 trong dung dịch VTM. Kết quả: Kết quả RT-qPCR ở nhóm mẫu có tải lượng vi-rút cao và trung bình (Ct <30) ở gộp mẫu 5 và 10 có độ tương đồng chẩn đoán dương với mẫu đơn là 100%, trong khi đó ở mẫu có tải lượng vi-rút thấp (Ct >30) thì gộp mẫu 5 là 100% còn gộp mẫu 10 giảm còn 80%. Độ chênh lệch Ct trung bình cả ba gen ở bộ gộp mẫu 5 là 2.05 95% CI, 1.93 – 2.16), còn gộp mẫu 10 là 2.87 (95% CI, 2.63 – 3.11). Trong thí nghiệm giả lập việc gộp ngẫu nhiên, độ tương đồng chẩn đoán dương SARS-CoV-2 ở cả hai phương thức gộp 5 và gộp 10 là 100% khi so với mẫu đơn. Kết luận: Phương pháp gộp mẫu dịch có độ tin cậy cao trong chẩn đoán SARS-CoV-2. Việc áp dụng rộng rãi phương pháp này hứa hẹn đem lại nhiều lợi ích vì hiệu quả cao trong công tác sàng lọc và chẩn đoán SARS-CoV-2 bằng phương pháp RT-qPCR.

The current guidance from the Misnistry of Health regarding pooling methods applied in SARS-CoV-2 testing endorses swab pooling and sample/media pooling. Sample/media pooling method shows comparative advantages, including the absence of re-sampling, minimal risk of cross-infection and of inconsistant testing results. Even with such benefits, sample/media pooling method requires a rigorous validation prior to extensive deployment. The study aims to evaluate (1) the impact of sample dilution on the final testing accuracy and (2) the optimal number of samples in a pool. Methods: This is an experimental study with prospective data collection. Experiements were performed using PureLink™ Viral RNA/DNA Mini Kit (Invitrogen, Hoa Kỳ), TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit (ThermoFisher, Hoa Kỳ) and SARS-CoV-2 positive nasopharyngeal swab stored in VTM. Results: The single samples with high and medium viral load (Ct <30) have the positivity concordance of 100% with 5-sample and 10-sample pools, while those with low viral load (Ct >30) have the concordance of 100% and 80% with 5-sample and 10-sample pools, respectively. Mean Ct gap of all three tested genes in 5-sample pooling is 2.05 (95% CI, 1.93 – 2.16), and in10-sample pooling is 2.87 (95% CI, 2.63 – 3.11). In the pooling simulation, the positivity concordance of both 5-sample pooling and 10-sample pooling is 100%, compared to single sample testing. Conclusion: Sample/media pooling is a method displaying high reliability in SARS-CoV-2 testing. Its wide implementation potentially generates lots of benefits in screening and diagnosis of SARS-CoV-2 infection by RT-qPCR.

TTKHCNQG, CVv 46

Xem toàn văn
  • [1] Ton That Thanh và các cộng sự. (2021), The application of sample pooling for mass screening of SARS-CoV-2 in an outbreak of COVID-19 in Vietnam,
  • [2] Ira Praharaj và các cộng sự. (2020), Pooled testing for COVID-19 diagnosis by real-time RTPCR: A multi-site comparative evaluation of 5-& 10-sample pooling,
  • [3] Fenghua Chen và các cộng sự. (2021), Comparing two sample pooling strategies for SARS‐CoV‐2 RNA detection for efficient screening of COVID‐19,
  • [4] Netta Barak và các cộng sự. (2021), Lessons f-rom applied large-scale pooling of 133,816 SARSCoV-2 RT-PCR tests,
  • [5] (2020), Pooled Sample Testing and Screening Testing for Covid - 19,
  • [6] (2022), Thông tư Quy định giá dịch vụ xét nghiệm SARS-CoV-2 Số 02/2022/TT-BYT,Thông tư Số 02/2022/TT-BYT
  • [7] (2021), Quyết Định Ban hành hướng dẫn tạm thời việc gộp mẫu xét nghiệm SARS-CoV2,Quyết Định Số 1817/QĐ-BYT
  • [8] Nguyễn Minh Hà (2022), Xác nhận giá trị chẩn đoán lâm sàng của bộ sinh phẩm xét nghiệm nhanh kháng nguyên virus SARS-CoV-2 tại bệnh viện Nguyễn Tri Phương,Tạp Chí Y học Việt Nam tháng 2 số 2