Thông tin nhà nghiên cứu KH&CN

Mã NNC: CB.24678

Ngô Sơn Tùng

Cơ quan/đơn vị công tác: Trường Đại học Tôn Đức Thắng

Lĩnh vực nghiên cứu:

  • Danh sách các Bài báo/Công bố KH&CN
  • Danh sách các Nhiệm vụ KH&CN đã tham gia
[1]

Searching for potential inhibitors of SARS-CoV-2 main protease using supervised learning and perturbation calculations

Trung Hai Nguyen, Nguyen Minh Tam, Mai Van Tuan, Peng Zhan, Van V Vu, Duong Tuan Quang, Son Tung Ngo*
Chemical Physics 564, 111709 - Năm xuất bản: 2023; ISSN/ISBN:
[2]

Estimating AChE inhibitors from MCE database by machine learning and atomistic calculations

Quynh Mai Thai, Trung Hai Nguyen, George Binh Lenon, Huong Thi Thu Phung, Jim-Tong Horng, Phuong-Thao Tran, Son Tung Ngo*
Journal of Molecular Graphics and Modelling 134, 108906 - Năm xuất bản: 2025; ISSN/ISBN:
[3]

Searching for potential acetylcholinesterase inhibitors: a combined approach of multi-step similarity search, machine learning and molecular dynamics simulations

Quynh Mai Thai, Minh Quan Pham, Phuong-Thao Tran, Trung Hai Nguyen, Son Tung Ngo
Royal Society Open Science 11, 240546 - Năm xuất bản: 2024; ISSN/ISBN:
[4]

Inhibition of Aggregation of Amyloid Peptides by Beta-Sheet Breaker Peptides and Their Binding Affinity

Man Hoang Viet, Son Tung Ngo, Nguyen Sy Lam, Mai Suan Li
Journal of Physical Chemistry B 115, 7433-7446 - Năm xuất bản: 2011; ISSN/ISBN:
[5]

Curcumin Binds to Aβ1–40 Peptides and Fibrils Stronger Than Ibuprofen and Naproxen

Son Tung Ngo and Mai Suan Li
Journal of Physical Chemistry B 116, 10165-10175 - Năm xuất bản: 2012; ISSN/ISBN:
[6]

Top-leads from Natural Products for Treatment of Alzheimer's Disease: Docking and Molecular Dynamics Study

Son Tung Ngo, Mai Suan Li
Molecular Simulation 39, 279-291 - Năm xuất bản: 2013; ISSN/ISBN:
[7]

In silico and in vitro Characterization of Anti-Amyloidogenic Activity of Vitamin K3 Analogues for Alzheimer's Disease

Pham Dinh Quoc Huy,+ Yao-Chung Yu,+ Son Tung Ngo,+ Tran Van Thao, Chin-piao Chen, Mai Suan Li, Yi-Cheng Chen
BBA General Subjects 1830, 2960-2969 - Năm xuất bản: 2013; ISSN/ISBN:
[8]

Effect of the Tottori Familial Disease Mutation (D7N) on the Monomers and Dimers of Aβ40 and Aβ42

Man Hoang Viet, Phuong H Nguyen, Son Tung Ngo, Mai Suan Li, Philippe Derreumaux
ACS Chemical Neuroscience 4, 1446-1457 - Năm xuất bản: 2013; ISSN/ISBN:
[9]

Anti-arrhythmic Medication Propafenone a Potential Drug for Alzheimer’s Disease Inhibiting Aggregation of Aβ: In Silico and in Vitro Studies

Son Tung Ngo, Shang-Ting Fang, Shu-Hsiang Huang, Chao-Liang Chou, Pham Dinh Quoc Huy, Mai Suan Li, Yi-Cheng Chen
Journal of Chemical Information and Modeling 56, 1344-1356 - Năm xuất bản: 2016; ISSN/ISBN:
[10]

Replica Exchange Molecular Dynamics Study of the Truncated Amyloid Beta (11–40) Trimer in Solution

Son Tung Ngo*, Huynh Minh Hung, Duc Toan Truong, Minh Tho Nguyen
Physical Chemistry Chemical Physics 19, 1909-1919 - Năm xuất bản: 2017; ISSN/ISBN:
[11]

Replica Exchange Molecular Dynamics Study of the Amyloid Beta (11–40) Trimer Penetrating a Membrane

Son Tung Ngo*, Huynh Minh Hung, Khoa Nhat Tran, Minh Tho Nguyen
RSC Advances 7, 7346-7357 - Năm xuất bản: 2017; ISSN/ISBN:
[12]

In silico studies of solvated F19W amyloid β (11–40) trimer

Son Tung Ngo*, Xuan-Cuong Luu, Minh Tung Nguyen, Chinh N Le, Van V Vu
RSC Advances 7, 42379-42386 - Năm xuất bản: 2017; ISSN/ISBN:
[13]

EGCG Inhibits the Oligomerization of Amyloid Beta (16-22) Hexamer: Theoretical Studies

Son Tung Ngo, Duc Toan Truong, Nguyen Minh Tam, Minh Tho Nguyen
Journal of Molecular Graphics & Modelling 76, 1-10. - Năm xuất bản: 2017; ISSN/ISBN:
[14]

The Effects of A21G Mutation on Transmembrane Amyloid Beta (11–40) Trimer: An In Silico Study

Son Tung Ngo*, Minh Tung Nguyen, Nguyen Thanh Nguyen, Van V Vu
Journal of Physical Chemistry B 121, 8467-8474 - Năm xuất bản: 2017; ISSN/ISBN:
[15]

Atomistic investigation of an Iowa Amyloid-β trimer in aqueous solution

Son Tung Ngo*, Huong Thi Thu Phung, Khanh B Vu, Van V Vu
RSC Advances 8, 41705-41712 - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN:
[16]

Propafenone effects on the stable structures of Aβ16-22 system

Linh Tran, Son Tung Ngo*, Minh Tho Nguyen
Chemical Physics Letters 696, 55-60. - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN:
[17]

The influences of E22Q mutant on solvated 3Aβ11-40 peptide: A REMD study

Son Tung Ngo*, Huynh Minh Hung, Nam Dao Hong, Nguyen Thanh Tung
Journal of Molecular Graphics & Modelling 83, 122-128. - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN:
[18]

Etersalate prevents the formations of 6Aβ16-22 oligomer: An in silico study

Son Tung Ngo*, Xuan-Cuong Luu, Nguyen Thanh Nguyen, Van Van Vu, Huong Thi Thu Phung
Plos ONE 13, e0204026 - Năm xuất bản: 2018; ISSN/ISBN:
[19]

Adequate prediction for inhibitor affinity of Aβ 40 protofibril using the linear interaction energy method

Son Tung Ngo,* Binh Khanh Mai, Philippe Derreumaux, Van V Vu
RSC Advances 9, 12455-12461 - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN:
[20]

Tetrameric Aβ40 and Aβ42 β-Barrel Structures by Extensive Atomistic Simulations. I. In a Bilayer Mimicking a Neuronal Membrane

Phuong H. Nguyen, Josep M. Campanera, Son Tung Ngo, Antoine Loquet, Philippe Derreumaux
Journal of Physical Chemistry B 123, 3643-3648 - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN:
[21]

C-Terminal Plays as the Possible Nucleation of the Self-Aggregation of the S-Shape Aβ11–42 Tetramer in Solution: Intensive MD Study

Nguyen Thanh Tung, Philippe Derreumaux, Van V Vu, Pham Cam Nam, Son Tung Ngo*
ACS Omega 4, 11066-11073 - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN:
[22]

Tetrameric Aβ40 and Aβ42 β-barrel structures by extensive atomistic simulations. II. In aqueous solution

Phuong H Nguyen, Josep M Campanera, Son Tung Ngo, Antoine Loquet, Philippe Derreumaux
Journal of Physical Chemistry B 123, 6750-6756 - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN:
[23]

Stability of Aβ11–40 trimers with parallel and antiparallel β-sheet organizations in a membrane-mimicking environment by replica exchange molecular dynamics simulation

Son Tung Ngo, Phuong H Nguyen, Philippe Derreumaux
Journal of Physical Chemistry B 124, 617-626 - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN:
[24]

Impact of A2T and D23N mutations on tetrameric Aβ42 barrel within a dipalmitoylphosphatidylcholine lipid bilayer membrane by replica exchange molecular dynamics

Son Tung Ngo, Phuong H Nguyen, Philippe Derreumaux
Journal of Physical Chemistry B 124, 1175-1182 - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN:
[25]

Impact of the Astaxanthin, Betanin, and EGCG Compounds on Small Oligomers of Amyloid Aβ40 Peptides

Huynh Minh Hung, Minh Tho Nguyen, Phuong-Thao Tran, Vi Khanh Truong, James Chapman, Le Huu Quynh Anh, Philippe Derreumaux, Van V Vu, Son Tung Ngo*
Journal of Chemical Information and Modeling 60, 1399-1408 - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN:
[26]

Impact of the rat R5G, Y10F, and H13R mutations on tetrameric Aβ42 β-barrel in a lipid bilayer membrane model

Son Tung Ngo, Phuong H Nguyen, Philippe Derreumaux
Journal of Physical Chemistry B - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN:
[27]

Cholesterol molecules alter the energy landscape of small Aβ1–42 oligomers

Son Tung Ngo, Phuong H Nguyen, Philippe Derreumaux
Journal of Physical Chemistry B - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN:
[28]

Amyloid oligomers: A joint experimental/computational perspective on Alzheimer’s disease, Parkinson’s disease, type II diabetes, and amyotrophic lateral sclerosis

Phuong H Nguyen and Philippe Derreumaux, et al (including Son Tung Ngo)
Chemical Reviews 121, 2545-2647 - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN:
[29]

Effect of cholesterol molecules on Aβ1-42 wild-type and mutants trimers

Trung Hai Nguyen, Phuong H Nguyen, Son Tung Ngo, Philippe Derreumaux
Molecules 27, 1395 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN:
[30]

Improving Ligand-Ranking of AutoDock Vina by Changing the Empirical Parameters

T Ngoc Han Pham, Trung Hai Nguyen, Nguyen Minh Tam, Thien Y Vu, Nhat Truong Pham, Nguyen Truong Huy, Binh Khanh Mai, Nguyen Thanh Tung, Minh Quan Pham, Van V Vu, Son Tung Ngo*
Journal of Computational Chemistry 2022, 160- - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN:
[31]

Alchemical approach performance in calculating the ligand-binding free energy

Son Tung Ngo*, Quynh Mai Thai, Trung Hai Nguyen, Nguyen Ngoc Tuan, T Ngoc Han Pham, Huong TT Phung, Duong Tuan Quang
RSC Advances 14, 14875-14885 - Năm xuất bản: 2024; ISSN/ISBN:
[32]

Evaluating the protein–protein binding via the fast pulling of ligand scheme

Hoang Anh Nguyen, Van V Vu, Vi-Khanh Truong, Lam Huynh, Geoge Binh Lenon, Son Tung Ngo*
Chemical Physics Letters 871, 142136 - Năm xuất bản: 2025; ISSN/ISBN:
[33]

Dimerization of the Aβ42 under the Influence of the Gold Nanoparticle: A REMD Study

Quynh Mai Thai, Nguyen Thanh Tung, Dung Do Thi Mai, Son Tung Ngo*
Journal of Physical Chemistry B 128, 11705-11713 - Năm xuất bản: 2024; ISSN/ISBN:
[34]

Synthesis and evaluation of the acetylcholinesterase inhibitory effect of novel heteroaromatic derivatives bearing a 2-(5-(pyridin-2-yl)-1H-tetrazol-1-yl) acetamide scaffold

Viet Hung Nguyen, Thien Bao Long Le, Manh Dung Dang, Linh Vu Ngoc Hai, Tiep K Nguyen, Van-Hai Hoang, Quyen Do, Dung Do Thi Mai, Son Tung Ngo, Phuong-Thao Tran
Tạp chí Nghiên cứu Dược và Thông tin Thuốc 19, 11-21 - Năm xuất bản: 2024; ISSN/ISBN:
[35]

Identifying Possible AChE Inhibitors from Drug-Like Molecules via Machine-Learning and Experimental Studies

Trung Hai Nguyen, Phuong-Thao Tran, Ngoc Quynh Anh Pham, Van-Hai Hoang, Dinh Minh Hiep, and Son Tung Ngo
The Conference Asian Federation For Pharmaceutical Sciences AFPS 2023 - Năm xuất bản: 2023; ISSN/ISBN:
[36]

Giới thiệu về thiết kế thuốc sử dụng công cụ hỗ trợ máy tính

Phạm Minh Quân, Ngô Sơn Tùng, Phạm Quốc Long
Nhà xuất bản Khoa học Tự nhiên và Công nghệ - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN:
[37]

Silver nanoparticles alter the dimerization of Aβ 42 studied by REMD simulations

Quynh Mai Thai, Phuong-Thao Tran, Huong TT Phung, Minh Quan Pham, Son Tung Ngo*
RSC Advances, 14, 15112-15119 - Năm xuất bản: 2024; ISSN/ISBN:
[38]

Morphology of Transmembrane Aβ42 Tetramer via REMD Simulations

Son Tung Ngo*, Trung Hai Nguyen, Van V. Vu
Journal of Chemical Information and Modeling, 63, 4376-4382 - Năm xuất bản: 2023; ISSN/ISBN:
[39]

DFT studies of the copper active site in AA13 polysaccharide monooxygenases

Chinh N Le, Cuong X Luu, Son Tung Ngo, Van V Vu
Vietnam Journal of Science, Technology and Engineering 64, 28-31 - Năm xuất bản: 2022; ISSN/ISBN:
[40]

Transmembrane Amyloid β-Peptide Structure: In Silico Study

Son Tung Ngo
Chemical Biology Symposium 2021 - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN:
[41]

Umbrella Sampling Based Method to Compute Ligand-Binding Affinity

Son Tung Ngo* and Minh Quan Pham
Methods in Molecular Biology 2385, 313-323 - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN:
[42]

Cholesterol Molecules Alter the Energy Landscape of Small Aβ1-42 Oligomers

Son Tung Ngo, Phuong Nguyen, Philippe Derreumaux
Journal of Physical Chemistry B 125, 2299–2307 - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN:
[43]

In Silico Probing Ca2+ and Zn2+ Permeable Transmembrane 4Aβ1-42 Barrel

Son Tung Ngo
Communications in Physics 485, 126725 - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN:
[44]

Initial Study On SARS-CoV-2 Main Protease Inhibition Mechanism Of Some Potential Drugs Using Molecular Docking Simulation

Quan Minh Pham, Thuy Huong Thi Le, Toan Quoc Tran, Son Tung Ngo, Dan Trong Nguyen, Thu Thuy Thi Tran, Cuong Manh Nguyen, Long Quoc Pham
Vietnam Journal of Science and Technology 58, 665-675 - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN:
[45]

Transmembrane Amyloid β-Peptide Structures: In Silico Study

Son Tung Ngo
Hội nghị Vật lý Lý thuyết lần thứ 45 - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN:
[46]

Estimating the Ligand-Binding Affinity via λ-Dependent Umbrella Sampling Simulations

Son Tung Ngo
Journal of Computational Chemistry 42, 117-123 - Năm xuất bản: 2021; ISSN/ISBN:
[47]

Transmembrane Amyloid β-Peptide Structure: In Silico Study

Ngoc Quynh Anh Pham, Tho Do Duc, Nguyen Thi Mai, Nguyen Thanh Tung, and Son Tung Ngo*
Hội nghị Vật lý Chất rắn và Khoa học Vật liệu Toàn quốc lần thứ XI tại Quy Nhơn - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN:
[48]

Impact of the Astaxanthin, Betanin and EGCG Compounds on Small Oligomers of the Amyloid Aβ40 Peptide

Huynh Minh Hung, Minh Tho Nguyen, Tran Phuong Thao, Vi Khanh Truong, James Chapman, Le Huu Quynh Anh, Philippe Derreumaux, Van V. Vu, Son Tung Ngo*
Journal of Chemical Information and Modeling 60, 1399-1408 - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN:
[49]

Autodock Vina Adopts More Accurate Binding Pose but Autodock4 Forms Better Binding Affinity

Nguyen Thanh Nguyen, Trung Hai Nguyen, T. Ngoc Han Pham, Nguyen Truong Huy, Mai Van Bay, Minh Quan Pham, Pham Cam Nam, Van V. Vu, and Son Tung Ngo*
Journal of Chemical Information and Modeling 60, 204-211 - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN:
[50]

Oversampling Free Energy Perturbation Simulation in Determination of the Ligand-Binding Free Energy

Son Tung Ngo*, Trung Hai Nguyen, Nguyen Thanh Tung, Pham Cam Nam, Khanh B. Vu, Van V. Vu*
Journal of Computational Chemistry 41, 611-618 - Năm xuất bản: 2020; ISSN/ISBN:
[51]

Probable Transmembrane Amyloid α-Helix Bundles Capable of Conducting Ca2+ Ions

Son Tung Ngo,* Philippe Derreumaux, Van V. Vu*
Journal of Physical Chemistry B 123, 2645-2653 - Năm xuất bản: 2019; ISSN/ISBN:
[1]

Nghiên cứu các hợp chất hướng ức chế AChE hỗ trợ điều trị bệnh sa sút trí tuệ sử dụng kết hợp mô hình máy học (ML), mô phỏng động lực học phân tử, và thử nghiệm trong ống nghiệm

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Sở Khoa học và Công nghệ Tp. Hồ Chí Minh
Thời gian thực hiện: 3/2023 - 3/2025; vai trò: Chủ nhiệm đề tài
[2]

Nghiên cứu sử dụng phương pháp tính toán mô phỏng kết hợp thực nghiệm nhằm tìm kiếm các hợp chất tiềm năng ức chế tế bào ung thư từ hợp chất khung xanthone nguồn gốc tự nhiên

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Bộ Khoa học và Công nghệ
Thời gian thực hiện: 2022 - 2025; vai trò: Thành viên
[3]

Nghiên cứu sàng lọc các hợp chất thiên nhiên định hướng sản phẩm phòng ngừa virus

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Viện Hàn lâm Khoa học & Công nghệ
Thời gian thực hiện: 2021 - 2023; vai trò: Thành viên
[4]

Thiết kế, tổng hợp và đánh giá tác dụng sinh học của các dẫn chất tetrazol đa chức năng mới hướng dùng điều trị bệnh Alzheimer

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Quỹ đổi mới sáng tạo Vingroup
Thời gian thực hiện: 09/2022 - 08/2024; vai trò: Nghiên cứu viên chủ chốt
[5]

Nghiên cứu các chất ức chế dẫn xuất tự nhiên nhắm vào các tiền sợi Aβ, BACE1 và AChE như những chất chống lại bệnh Alzheimer.

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Quỹ phát triển khoa học và công nghệ Trường Đại học Tôn Đức Thắng
Thời gian thực hiện: 05/2020 - 05/2022; vai trò: Chủ nhiệm đề tài
[6]

Nghiên cứu về cấu trúc hình học, cấu trúc điện tử, thông số năng lượng và tính chất vật lý các hệ nguyên tử nhôm dưới kích thước nano được pha tạp bởi nhiều kim loại chuyển tiếp

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Qũy Phát triển Khoa học & Công nghệ Quốc Gia
Thời gian thực hiện: 6/2020 - 6/2022; vai trò: Nghiên cứu viên chủ chốt
[7]

Cơ chế di chuyển của ion Ca2+ qua các cấu trúc giống kênh ion tạo bởi các peptit Aβ xuyên màng: nghiên cứu in silico

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Qũy Phát triển Khoa học & Công nghệ Quốc Gia
Thời gian thực hiện: 7/2019 - 6/2021; vai trò: Chủ nhiệm đề tài
[8]

Nghiên cứu enzyme polysaccharide monoxygenase và các enzyme liên quan trong quá trình gây bệnh của nấm Magnaporthe oryzae và một số ứng dụng

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Bộ Khoa học và Công nghệ
Thời gian thực hiện: 06/2018 - 06/2021; vai trò: Nghiên cứu viên chủ chốt
[9]

Nghiên cứu cấu trúc và sự chọn lọc cơ chất của các enzyme AA13 sử dụng tính toán lượng tử và mô phỏng phân tử

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Qũy Phát triển Khoa học & Công nghệ Quốc Gia
Thời gian thực hiện: 04/2018 - 04/2020; vai trò: Nghiên cứu viên chủ chốt
[10]

Nghiên cứu ảnh hưởng của đột biến vùng lõi kỵ nước trên cấu trúc của các tiền sợi Aβ sử dụng mô phỏng đông học phân tử trao đổi mô hình

Cơ quan quản lý nhiệm vụ/cấp kinh phí: Qũy Phát triển Khoa học & Công nghệ Quốc Gia
Thời gian thực hiện: 04/2017 - 04/2019; vai trò: Chủ nhiệm đề tài