Giải mã hệ gen Canine Distemper virus gây bệnh trên chó năm 2018

Chỉ số đề mục

Lĩnh vực nghiên cứu

Vi sinh vật học thú y (trừ vi rút học thú y)

Dạng tài liệu

Tác giả

Đỗ Thị Roan⁽¹⁾, Đỗ Đức Thành, Đặng Thị Mai Lan, Phạm Hồng Ngọc, Nguyễn Hữu Đức, Nguyễn Thị Khuê, Nguyễn Thị Thu Hiền⁽⁵⁾, Lê Thị Kim Xuyến⁽²⁾, Lê Thanh Hòa⁽³⁾, Đoàn Thị Thanh Hương⁽⁴⁾

Nhan đề

Giải mã hệ gen Canine Distemper virus gây bệnh trên chó năm 2018

Nhan đề tiếng anh

Nguồn trích

Tạp chí Công nghệ Sinh học - Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam

Năm xuất bản

2020

Số

3

Trang

465-475

ISSN

1811-4989

Từ khóa

Hệ gen, Virus, Mã hóa, Canine Distemper virus

Từ khóa tiếng anh

Tóm tắt

Toàn bộ hệ gen của chủng virus gây bệnh Carre trên chó (Canine Distemper Virus) thu nhận tại Hà Nội năm 2018 (CDVHN5) đã được giải mã và phân tích phả hệ nguồn gốc. Hệ gen của chủng CDVHN5 có độ dài 15.690 nucleotide, mã hóa cho hai protein không cấu trúc (protein C và V) và 6 protein cấu trúc, gồm large protein (L), haemagglutinin (H), phosphoprotein (P), nucleocapsid protein (N), fusion protein (F) và matrix protein (M). Trong thành phần hệ gen, Adenine (A) chiếm tỷ lệ cao nhất gồm 4.798 nucleotide (30,58%); tiếp theo là Thymine (T) gồm 4.177 nucleotide, chiếm 26,62%; Guanine (G) gồm 3.450 nucleotide, chiếm 21,70% và chiếm tỷ lệ thấp nhất là Cytosine (C) gồm 3.310 nucleotide (21,10%). Tỷ lệ G+C là 42,8% thấp hơn tỷ lệ A+T (57,2%). Kết quả so sánh về trình tự nucleotide cho thấy chủng CDVHN5 của Việt Nam có tỷ lệ tương đồng cao nhất (99,7%) với chủng virus cường độc thu nhận tại Thành phố Hồ Chí Minh năm 2014 (CDV/dog/HCM/33/140816), thuộc genotype Asia-1. Chủng CDVHN5 có tỷ lệ tương đồng thấp so với các chủng thuộc các genotype khác (92,4% đến 96%) trong đó thấp nhất với chủng virus vaccine Onderstepoort-US-2002 thuộc genotype America-1 và chủng virus CDV2784-IT-2013 thuộc genotype Arctic (92,4%). Kết quả phân tích phả hệ nguồn gốc cho thấy chủng CDVHN5 thuộc genotype Asia-1 cùng với các chủng của Trung Quốc, Đài Loan, Thái Lan và Hàn Quốc. Cho đến nay mới có duy nhất một hệ gen của CDV Thành phố Hồ Chí Minh công bố trên Ngân hàng gen. Do đó việc bổ sung thêm dữ liệu hệ gen của virus này tại Việt Nam là rất cần thiết.

Tóm tắt tiếng anh

Kí hiệu kho

TTKHCNQG, CVv 262

File toàn văn

Xem toàn văn

Tài liệu tham khảo

[1] Zhao JJ, Yan XJ, Chai XL, Martella V, Luo GL, Zhang HL, Gao H, Liu YX, Bai X, Zhang L, Chen T, Xu L, Zhao CF, Wang FX, Shao XQ, Wu W, Cheng SP (2010), Phylogenetic analysis of the haemagglutinin gene of canine distemper virus strains detected f-rom breeding foxes, raccoon dogs and minks in China.,Vet Microbiol 140: 34–44.
[2] Trần Văn Nên, Nguyễn Thị Lan, Nguyễn Văn Thanh, Lương Quốc Hưng (2017), Nghiên cứu một số đặc điểm sinh học phân tử của virus Ca rê phân lập được tại một số tỉnh phía Bắc Việt Nam.,Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam 15(1): 44–57.
[3] Sakai K, Nagata N, Ami Y, Seki F, Suzaki Y, IwataYoshikawa N, Suzuki T, Fukushi S, Mizutani T, Yoshikawa T, Otsuki N, Kurane I, Komase K, Yamaguchi R, Hasegawa H, Saijo M, Takeda M, Morikawa S (2013), Lethal canine distemper virus outbreak in cynomolgus monkeys in Japan in 2008.,J Virol 87: 1105–1114.
[4] Qiu W, Zheng Y, Zhang S, Fan Q, Liu H, Zhang F, Wang W, Liao G, Hu R (2011), Canine distemper outbreak in rhesus monkeys, China.,Emerg Infect Dis 17: 1541–1543.
[5] Nguyễn Như Pho, Võ Thị Trà An (2003), Bài giảng dược lý thú y,
[6] Nicholas KB, Nicholas HB (1999), GeneDoc: a tool for editing and annotating multiple sequence aligntment.,Distributed by authors.
[7] Mochizuki M, Hashimoto M, Hagiwara S, Yoshida Y, Ishiguro S (1999), Genotypes of canine distemper virus determined by analysis of the hemagglutinin genes of recent isolates f-rom dogs in Japan.,J Clin Microbiol 37: 2936–2942.
[8] Martella V, Cirone F, Elia G, Lorusso E, Decaro N, Campolo M, Desario C, Lucente MS, Bellacicco AL, Blixenkrone-Møller M, Carmichael LE, Buonavoglia C (2006), Heterogeneity within the hemagglutinin genes of canine distemper virus (CDV) strains detected in Italy.,Vet Microbiol 116: 301–309.
[9] Liang CT, Chueh LL, Lee KH, Huang HS, Uema M, Watanabe A, Miura R, Kai C, Liang SC (2008), Phylogenetic analysis and isolation of canine distemper viruses in Taiwan.,Taiwan Vet J 34: 198– 210.
[10] Li W, Li T, Liu Y, Gao Y, Yang S, Feng, N, Sun H, Wang S, Wang L, Bu Z, Xia X (2014), Genetic c-haracterization of an isolate of canine distemper virus f-rom a Tibetan Mastiff in China.,Virus Genes 49: 45–57.
[11] Lan NT, Yamaguchi R, Kien TT, Hirai T, Hidaka Y, Nam NH (2009), First isolation and c-haracterization of canine distemper virus in Vietnam with the immunohistochemical examination of the dog.,J Vet Med Sci 71: 155–162.
[12] Lan NT, Yamagushi R, Inomala A, Furuya Y, Uchida K, Sugono S, Tateyama S (2006), Comparative analyses of Canine distemper viral isolates f-rom clinical cases of Canine distemper vaccinated dogs.,Vet Microbiol 115: 32–42.
[13] Kumar S, Stecher G, Tamura K (2016), MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0.,Mol Biol Evol 30: 2725–2729.
[14] Guo L, Wang SL, Hou CD, Chen R, Yang SJ, Liu XN, Pan J, Hao HB, Zhang ZX, Cao ML, Yan QG (2013), Phylogenetic analysis of the haemagglutinin gene of canine distemper virus strains detected f-rom giant panda and raccoon dogs in China.,Virol J 10: 109.
[15] Espinal MA, Díaz FJ, Ruiz-Saenz, J (2014), Phylogenetic evidence of a new canine distemper virus lineage among domestic dogs in Colombia, South America.,Vet Microbiol 172: 168–176.
[16] Đoàn Thị Thanh Hương, Nguyễn Thị Khuê, Đỗ Thị Roan, Nguyễn Ngọc Trâm, Lê Thị Kim Xuyến, Nguyễn Thị Bích Nga, Lê Thanh Hòa (2018), Đặc điểm phân tử và phả hệ nguồn gốc virus gây bệnh Carre (Cannine Distemper Virus) phân lập năm 2017 tại Hà Nội.,Hội nghị khoa học Công nghệ sinh học toàn quốc 2018, Nhà xuất bản Khoa học Tự nhiên và Công nghệ pp. 1705–1711.
[17] Nguyen DV, Suzuki J, Minami S, Yonemitsu K, Nagata N, Kuwata R, Shimoda H, Vu CK, Truong TQ, Maeda K (2017), Isolation and phylogenetic analysis of canine distemper virus among domestic dogs in Vietnam.,J Vet Med Sci 79(1): 123–127.
[18] Piewbang C, Radtanakatikanon A, Puenpa J, Poovorawan Y, Techangamsuwan S (2019), Genetic and evolutionary analysis of a new Asia-4 lineage and naturally recombinant canine distemper virus strains f-rom Thailand.,Sci Rep 9(1): 3198–3206.
[19] Cheng Y, Wang J, Zhang M, Zhao J, Shao X, Ma Z, Zhao H, Lin P, Wu H (2015), Isolation and sequence analysis of a canine distemper virus f-rom a raccoon dog in Jilin Province, China.,Virus Genes 51: 298– 301.
[20] An DJ, Yoon SH, Park JY, No IS, Park BK (2008), Phylogenetic c-haracterization of canine distemper virus isolates f-rom naturally infected dogs and a marten in Korea.,Vet Microbiol 132: 389–395.